Первый караван пришел в Красноярск в 1671 году. Впрочем, бухарцы обнаружили, что и здесь есть неплохой рынок для сбыта, и начали посещать Красноярск регулярно. Торговля шла настолько хорошо, что красноярский воевода распорядился построить для них отдельный торговый двор. В 1685 году, когда пришел караван, бухарцы продали товаров на 1200 рублей.

Упадок бухарской торговли вызвали две причины. Во-первых, в 90-х годах XVII века началась длинная череда войн джунгаров с казахами и маньчжурами, которые оборвали многие связи. Это привело к тому, что после 1697 года бухарские караваны не заходили в Красноярск. Во-вторых, в начале XVIII века Петр I установил свою монополию на торговлю с Китаем, отрезав доступ к ней и русских, и бухарских купцов. Дополнительно торговлю тормозило увеличение пошлин до 1/10 всех ввозимых товаров, и начало взимания податей и оброков в 1698 году.

Но настоящая катастрофа разразилась в 1723 году, когда джунгары нанесли тяжелое поражение казахам. Старший жуз откатился в среднее течение Сырдарьи и практически опустошил эту область. Сильный урон понесло и Бухарское ханство. Резко сократилась торговля и производство тканей, которые были очень популярны в Сибири. Бывшие в то время в Бухаре путешественники были уверены, что ведение торговли вообще невозможно.

Бухара оправилась от последствий этих событий только после 1747 года. Но, к тому моменту положение уже несколько изменилось. В Сибири были выстроены уже против джунгар оборонительные линии, и свободного доступа бухарских караванов в сибирские города уже не было. Основной пункт бухарской торговли переместился в Оренбург, откуда бухарскими тканями снабжался и сибирский рынок.

В это время бухарские купцы были лишены права свободного доступа в Россию, вести розничную торговлю, и свой товар продавали оптом русским купцам, которые уже его развозили в другие города страны. В результате, дешевые бухарские ткани, из которых жители Сибири в течение более чем ста лет шили одежду, стали вытесняться более дорогими русскими тканями. В Сибири стала складываться мануфактурная монополия, против которой яростно выступал в конце XIX века Н.М. Ядринцев. Окончательный подрыв бухарской торговли произошел в 1834 году, когда бухарцев, бывших до этого привилегированными жителями Сибири, лишили всех льгот и уравняли с сибирскими инородцами.

Прекращение бухарской торговли привело, во-первых, к заметному обнищанию населения Сибири, причем как русского, так и не русского. Сибирские товары, в основном пушнина и кожа, которые раньше продавались бухарцам по хорошей цене, теперь шли русским перекупщикам по низким закупочным ценам. Хорошая и дешевая ткань исчезла, уступив более плохому и более дорогому русскому сукну. Хорошие ткани теперь стали только английские, но они были мало кому доступны в Сибири.

Во-вторых, разорвались традиционные связи со Средней Азией. Русская граница, появившаяся в середине XVIII века, и отрезавшая поволжских, уральских и сибирских тюрок от среднеазиатских, привела к повсеместной деградации тюрок. Для сибирских татар Средняя Азия была мощным культурным центром, которая поддерживала развитие и распространение культуры и грамотности. Усилиями бухарцев в Сибири еще в Сибирском ханстве появилось несколько медресе, в которых учились сибирские татары. Постоянная караванная торговля поддерживала связи Сибири с мощными интеллектуальными центрами Средней Азии в г. Туркестане (наиболее близкий центр исламского просвещения), Бухарой, Самаркандом, Ташкентом, а далее и с остальными странами Ближнего Востока. При желании можно было дойти даже до Медины.

Русская граница сначала сильно затруднила, а потом и прекратила эти связи. После строительства мощных укрепленных линий на южной границе, когда русские власти поняли, что сибирские татары находятся в их безраздельной власти, по Сибири прокатилась волна насильственного крещения. В 1747-1749 годах в Сибири было разрушено более 500 мечетей.