К концу лета 1523 года Лойола потерял душевное равновесие. Он перестал радоваться и не находил успокоения в молитве, и тут же приходил в восторг. Иниго обратился за советом к пророчице Беате Манресской и услышал в ответ: «О, если бы Христос явился тебе!» Эти слова потрясли Иниго, у которого вырвалось: «Господи, я ничего не хочу делать, что могло бы оскорбить Тебя!»

Иниго Лойола решил подвергнуть себя более суровому испытанию. В полукилометре от Манреса, на скалистом берегу впадающей в Средиземное море реки Льобрегат, он нашел пещеру, куда с трудом можно было взобраться ползком по непроходимой тропинке через колючий репейник. В пещере Иниго бичевал себя, бил в грудь камнем, не ел по несколько дней, потом съедал плесневелый хлеб и коренья, когда чувствовал приближение голодного обморока. Иниго попытался лишить себя сна, сильно ослаб и часто терял сознание. Лойола сделался существом не от мира сего, потеряв чувство времени и пространства. Видения окружали его, который то боролся со злыми духами, являвшимися искушать его, то приходил в полный восторг от вида небесных чудес и явлений, то потрясенный падал в обморок после бесед с Богом. В манреской пещере в голове Иниго Лойолы начали складываться «Духовные упражнения», изменившие первого духовного рыцаря и давшие начало истории ордена иезуитов. Многие современники впоследствии заявляли, что написать такую могучую книгу без непосредственного содействия Бога было невозможно. Впоследствии десять долгих месяцев в Манресе Игнатий Лойола разделил на период покоя, период сомнений и борьбы, и период великих озарений и полного преображения. «Что же это за новая жизнь начинается сейчас?» – говорил будущий святой.

Однажды случайно прохожие нашли его в глубоком обмороке у входа в пещеру. Полумертвого от истощения Лойолу принесли в манреский госпиталь, где хороший уход вернул ему здоровье. Позднее Игнатий говорил, что в борьбе со злым духом он сумел не впасть в один из страшных грехов – грех гордости. Будущий святой в Манресе понял, что может одерживать духовные победы и преодолевать великие искушения силой молитвы: «Помоги мне, Господи, помоги! От тебя одного жду успокоения моего духа. Я не откажусь от руководителя, посланного Тобой, даже если это будет собачка, присланная руководить мною и успокаивать мою взволнованную душу. Я бы ей повиновался как своему господину и следовал бы за ней, как за путеводителем». Позднее первый генерал Общества Иисуса вспоминал, что Бог обращался с ним как школьный учитель с учеником, обучая и наставляя его. Иниго понимал порядок мироздания, таинство Евхаристии, тайну Святой Троицы, получал откровения Священного Писания.

Недалеко от Манреса над рекой Кардонер стоял очень древний монастырь Сан-Пабло-и-Вальдаура, подчинявшийся цистерцианскому ордену. В начале осени 1522 года пилигрим Лойола вдоль реки шел поклониться древнему алтарю. Он ненадолго присел лицом к реке, протекавшей внизу. Глядя в глубину, Лойола вдруг почувствовал, что постигает тайны веры. Внутренними глазами «он видел и узнавал множество духовных вещей, понимал все то в науках, что могло относиться к вере». Великое озарение открывало ему тайны бытия, которых он понимал множество. Лойола получил великую ясность понимания природы вещей и тайн веры и длилось это очень долго. Он стал глубоким психологом, изучившим иллюзии души, страсти сердца, мучения совести. Он знал, как излечивать больные души, и какое давать им образование. Он понял, какие ему нужны соратники и ученики. То, о чем он думал, думал, думал, вдруг приобрело строгие очертания, превратилось в четкую систему.