Есть основания подозревать, что современники Иоанны не желали признавать ее. Римские прелаты имели личные основания исказить правду. В редких случаях, когда папство признавалось недостойным, как это произошло с разоблаченной Иоанной, все ее назначения становились недействительными. Все кардиналы, архиепископы и священники, посвященные Папой в духовный сан, были лишены должностей. Поэтому, ведя записи или переписывая документы, эти люди не упоминали об Иоанне.

Нужно лишь взглянуть на недавний пример Никарагуа и Сальвадора, чтобы увидеть, насколько решительны и скоординированы усилия правительства при «уничтожении» свидетельств неприятных событий. Только по истечении времени обнаруживается правда, хранимая в памяти народа. В более поздние века документов с упоминанием о папском правлении Иоанны появилось предостаточно. Фредерик Шпангейм, известный германский историк, широко исследовавший этот вопрос, приводит не менее пятисот древних манускриптов, содержащих сведения о папстве Иоанны. Писали о ней и великие Петрарка и Боккаччо.

В настоящее время церковь заняла такую позицию в отношении Иоанны, что, якобы, эту историю придумали протестантские реформаторы с целью разоблачения папской коррупции. Однако история Иоанны стала впервые известна за сотни лет до рождения Мартина Лютера. Большинство ее хроникеров были католиками, часто занимавшими высокое положение в церковной иерархии. Папство Иоанны признано даже в официальных исторических документах, посвященных римским Папам. Скульптурное изображение Иоанны стояло в одном ряду с такими же изображениями других Пап в кафедральном соборе в Сиене до 1601 года, когда по приказу Папы Клемента VIII, произошла внезапная «метаморфоза», и скульптура Иоанны превратилась в изображение Папы Захария. В 1276 году, после основательного изучения папских хроник, Папа Иоанн XX превратился в Папу Иоанна XXI, когда было официально признано правление Иоанны, как Папы Иоанна VIII. История Иоанны, включенная в официальный церковный справочник Рима, использовалась паломниками в течение трехсот лет.

Другое поразительное доказательство этого исторического факта было найдено в хорошо документированном протоколе суда над еретиком Яном Гусом в 1413 году. Гуса обвиняли в распространении еретической доктрины о возможной порочности Папы. В свою защиту Гус приводил многочисленные примеры, когда Папы грешили и совершали преступления против церкви. По каждому из его обвинений судьи (все они были священниками) подробно опровергали обвинения Гуса и называли их богохульством. И только одно заявление Гуса не было опровергнуто: «Много раз Папы грешили и совершали ошибки, например когда Папой был избран Иоанн, оказавшийся женщиной». Ни один из двадцати восьми кардиналов, четырех патриархов, тридцати митрополитов, двухсот шести епископов и четырехсот сорока богословов не выступил против этого заявления Гуса.

Утверждения, что между правлением Льва IV и Бенедикта III прошло слишком мало времени, и Иоанна не успела бы править в этот период, вызывает возражения. Хроника Liber pontificalis печально знаменита своими несоответствиями: нельзя полагаться на приведенные в ней даты вступления римских пап на престол и их кончин. Многие даты, как известно, не соответствуют истине. Поскольку современники очень хотели скрыть факт правления Иоанны, не стоит удивляться, что дата смерти Льва перенесена с 853 на 855 год. Это позволяло утаить сведения о двух годах правления Иоанны. Выходит, что Папа Бенедикт III вступил на престол сразу после кончины Папы Льва.

История предоставляет много других примеров фальсификации в хрониках.