Весь сентябрь 1986 года Даффи вынужден был приводить аргументы, отводя от себя подозрения полицейских. Когда его спросили, что он делал вечером 29 декабря 1985 года (в тот день была убита Элисон Дей), он ответил, что сидел дома и даже представил свидетелей. Когда же его попросили сдать на анализ кровь (Мартье Тамбезер сумела оцарапать маньяка, и под ее ногтями обнаружили его кровь), Дафф симулировал душевный недуг, и его на время поместили в психиатрическую клинику и анализы он не сдавал.

В октябре давление на Даффи несколько ослабло. Почувствовав это, он решил, что подозрение с него снято. В безлюдном месте он нападает на 14-летнюю девочку, насилует ее, однако убить не решается. Потерпевшая запомнила ряд его существенных примет, и на основе ее показаний полицейский компьютер выдал одно единственное имя - Джон Даффи.

С этого момента сыщики Скотланд-Ярда под руководством Джона Херста установили за ним негласное наблюдение. "Наружка" в течение двух недель "пасла" его день и ночь. Полицейские были уверены, что рано или поздно маньяк обнаружит себя, что и произошло. Даффи облачился в форму железнодорожника, сунул в карман нож, "испанскую лебедку" и вышел на очередную охоту. Через несколько минут его арестовали.

В его квартире детективы обнаружили массу вещей, напрямую указывающих, что именно он является тем маньяком, которого полиция безуспешно искала в течение четырех лет. В числе этих вещей была одежда, в которой он нападал, веревка, которой он душил, ботинки, которыми он наследил в местах преступлений, и многое другое.

Суд над Джоном Даффи состоялся в феврале 1988 года и привлек к себе огромное внимание общественности. Однако Даффи этому только радовался. В те дни он хвастался тюремным товарищам, что отныне его имя вошло в историю страны и встанет в один ряд с Джеком-потрошителем и "Черной пантерой". Поэтому приговор суда - 40 лет тюрьмы за доказанные два убийства и два изнасилования, оглашенный 26 февраля, он встретил с холодным равнодушием и абсолютно молча.