Лишь только совершился факт завоевания Константинополя латинянами, как начался ряд мер, направленных к стеснению и подавлению православной веры и Церкви; и это продолжалось во все более чем пятидесятилетнее правление латинских императоров в Константинополе. Оказалось, что сам папа Иннокентий лишь исполнял пустую формальность, когда порицал крестоносцев за взятие Византии; в душе же он был рад такому событию и восхищался возможностью важных религиозных последствий. Эти свои задушевные мысли Иннокентий выразил в письме на имя епископов и аббатов, бывших в среде крестоносцев в Константинополе. Папа патетически писал: «В Писании сказано, Бог пременяет времена и поставляет царства; в наше время, к нашей радости, это, видимо, исполняется на царстве Греческом. Бог передал Византийскую империю от гордых — смиренным, от неповинующихся — послушным, от отделившихся — верным сынам Церкви, т. е. от греков — латинянам». В другом письме на Восток папа выражает надежду, что с завоеванием Константинополя обратятся к римской вере не только византийцы, но и Иерусалим с Александрийской церковью. С этой целью Иннокентий делает распоряжения, которые грозили опасностью и вере, и церкви Греческой. Еще в том же году, когда совершилось занятие Константинополя западными, папа предписывал поставить в Константинополе священников и клириков для исполнения латинского богослужения; при этом папа внушительно замечал, что было бы достойно порицания оставаться без богослужения по римскому обряду там, где, быть может, латинскому народу навсегда суждено оставаться властителем. Под влиянием таких идей, латинский патриарх в Константинополе, которого поспешили поставить западные, приходит скоро к вопросу: уж не следует ли насильственно обратить греков к латинству? С этим вопросом патриарх адресуется к Иннокентию. На первый раз папа отвечает на этот вопрос не совсем определенно, но во всяком случае с явным наклонением в пользу положительного решения предложенного ему вопроса. Иннокентий писал патриарху: «Если греки не могут быть отклонены тобой от их богослужения и от их совершения таинств, то оставь им и то и другое, — пока я по зрелом размышлении не положу относительно этого дела чтолибо другое». Этого зрелого размышления недолго ждали греки со стороны папы. В 1213 г. возгорелось сильное гонение на греческих христиан со стороны латинян. Это гонение получило особенную напряженность по прибытии в Константинополь папского легата Пелагия (кардинала, епископа Альбанского), поразившего греков как своею надменностью, так и пышностью свиты, блиставшей пурпуровым цветом одежды, на который, по понятию туземцев, имели исключительное право только императоры.