К несчастью для Иоанна, в это время папой был Иннокентий III, самый влиятельный и сильный (с политической точки зрения) клирик из всех занимавших папский престол за всю его историю. При нём папство достигло вершин материального могущества, и Иннокентий III намеревался сделать институт папства верховной властью во всем христианском мире, которая стояла бы выше любого монарха.

Иннокентий увидел возможность убить нескольких зайцев сразу. Воспротивившись назначению на архиепископский пост кандидата, предложенного Иоанном, он, во-первых, не допустил бы разграбления английской церкви и, во-вторых, продемонстрировал бы своё главенство над английской монархией. Назначив своего ставленника, он тем самым гарантировал, что английская церковь будет стоять на страже его, а не королевских интересов. Кроме того, предлагая на должность архиепископа Стефана Лангтона, он оказывал Англии услугу, поскольку тот был человек большой учёности.

Иоанну было хорошо известно, что Лангтон человек образованный, но он столь же ясно понимал, что Лангтон может стать его злейшим врагом. Хотя по происхождению он был англичанином, он получил образование в Парижском университете и провел четверть века среди французов. Иоанн не хотел такого архиепископа, и, на наш современный взгляд, его можно понять.

Однако с точки зрения средневековой церкви упорство Иоанна было не просто неразумным, оно представляло собой тяжелый грех. Когда Иоанн не позволил новому архиепископу занять свой пост, в марте 1208 г. Иннокентий наложил на Англию интердикт. Это означало, что все церковные службы и совершение таинств (кроме крещения и помазания) отменялись, и население оказывалось лишено всяческой духовной помощи. Замолчали даже церковные колокола.

Для людей Средневековья это было ужасным событием, однако Иоанн не сдавался. Он насильно заставлял церковников исполнять свои обязанности. (Именно это его деяние, больше, чем какие-либо иные, привело к тому, что монастырские хронисты так опорочили его в глазах потомства.)

После полутора лет такого противостояния Иннокентий решил применить ещё более жестокие меры. В ноябре 1209 г. Иоанн был отлучён от церкви. Теперь наказание постигло не всё королевство, а лично короля. Он не имел права принимать участие ни в одном церковном обряде, и его подданные освобождались от всех обязательств перед ним. Папа даже попытался сместить Иоанна и отдать его королевство под власть французского короля Филиппа II.

Но Иоанн продолжал упорствовать. Действительно, и на его стороне был ряд преимуществ. Многим баронам не нравился диктат итальянского папы и офранцузившийся архиепископ, и они хранили верность Иоанну. Далее, у Иоанна были деньги, чтобы платить солдатам, земли, которые он мог раздавать своим верным подданным, и возможность отбирать земли у тех, кто окажется изменником. Он мог (и делал это) держать при себе детей некоторых баронов в качестве заложников разумного поведения их отцов. Иоанн даже присвоил часть церковной собственности и использовал её в качестве источника дохода: это позволило ему уменьшить налоги и в какой-то мере возвратить себе симпатии населения.

Клирики, однако, покидали страну, поскольку не хотели оставаться там, где король принуждал их исполнять свои обязанности, при том что папа им это запрещал и они в результате оказывались перед выбором — становиться мучениками или быть проклятыми. А поскольку церковники играли важную роль в административной системе, Иоанну становилось всё труднее и труднее управлять королевством.

Весь вопрос заключался в том, кто сможет ждать дольше, и по прошествии нескольких месяцев Иоанн понял, что превосходство на стороне папы. Иннокентий мог ждать сколько угодно, однако для Иоанна существовал суровый лимит времени. Он планировал пойти войной на Францию и восстановить свою империю, но не мог этого сделать, будучи отлучён от церкви. Пока он находился в Англии, ему удавалось держать своих баронов в повиновении, но, если бы он покинул страну, не вернувшись в лоно церкви, они, безусловно, попытались бы против него восстать.