Генрих понимал, что перехитрил сам себя, и не помнил себя от гнева. Это было не просто противодействие. Оно исходило от Бекета; Бекета, его собственного выдвиженца, тщательно выбранного среди многих. Терпеть Бекета в качестве противника — это было слишком. Дружба между королём и бывшим канцлером окончательно рухнула, и началась война не на жизнь, а на смерть.

Генрих настаивал на своем, и под его яростным напором испуганные клирики начали сдавать позиции, и даже папа Александр III (у которого были свои неприятности с соперниками, претендовавшими на папский престол, и который нуждался в поддержке Генриха) принялся урезонивать Бекета. Даже когда большинство церковников дрогнули, Бекет твёрдо стоял на своём, и только повеление папы вынудило его пойти на переговоры с королём.

В 1164 г. в Кларендоне (около Солсбери) был созван собор. Там Генриху II удалось достичь соглашения с Бекетом и другими епископами, согласно которому взаимоотношения между церковью и государством восстанавливались в той форме, в какой они существовали при нормандских королях, в частности при Генрихе I.

Кларендонские конституции повысили значимость королевских судов и ограничили юрисдикцию судов церковных. В частности, священнослужители, обвинённые в убийстве, лишались сана, и их дела передавались в королевский суд. Убийцы-клирики, другими словами, могли быть повешены за первое убийство, а не за второе.

Конституции также ограничили право прелатов отлучать от церкви: такая мера отныне не могла применяться к подданным короля без его согласия. Они запрещали клирикам покидать страну или обращаться к папе без разрешения короля (этот запрет был введен при нормандской династии). Что же касается назначений епископов и присяги на верность королю, здесь сохранялась процедура, установленная соглашением 1107 г. при Генрихе I.

В целом это была победа короля, но, как только конституции были обнародованы, папа, упрочивший к этому времени свою позицию, отказался их утвердить, и Томас Бекет сразу заявил, что это освобождает его от данной им клятвы соблюдать договорённость.

Отчаявшийся Генрих ответил ударом на удар. Он начал проверку финансовых операций Бекета на посту канцлера, и собственность экс-канцлера была конфискована, поскольку он отрекся от своих обязательств перед королем. Было ясно, что проверка даст такие результаты (король настаивал на этом), которые позволят Генриху принять самые суровые меры против Бекета, и архиепископ Кентерберийский поспешно покинул страну и отплыл во Францию.

Оказавшись во Франции, Бекет воспользовался самым страшным оружием в борьбе против своего бывшего друга: он обратился к папе с просьбой об отлучении всего английского королевства от церкви (это означало запрет на функционирование всех религиозных институтов королевства — самая ужасная мера, которая имелась в распоряжении церкви).

Папа Александр, хотя и желал поддержать архиепископа, всё же не хотел заходить так далеко. Он всячески стремился примирить короля и Бекета, опасаясь, что разразившийся скандал приведёт к катастрофическим последствиям для церкви в целом. В 1170 г. состоялось формальное примирение, при том что обе стороны не скрывали своей ненависти.

Возвратившийся в Кентербери Бекет получил новый удар по самолюбию, хотя и не связанный с церковной юрисдикцией и Кларендонскими конституциями. Незадолго до его возвращения Генрих II решил короновать своего старшего сына и объявить его своим преемником. Обычно такая коронация проходила при участии архиепископа Кентерберийского. Поскольку в то время Бекет отсутствовал, Генрих поручил коронацию архиепископу Йоркскому.

Разумеется, Бекет не мог вынести такого покушения на свои прерогативы.