Когда Помпей по поднявшейся пыли узнал, что его конница, на сильном натиске которой он основывал свою уверенность в победе, была отбита, то он с тяжелым, горестным чувством повернул свою лошадь к лагерю, куда последовала за ним часть его войска. Без слов, как окаменелый, сидел он в своей палатке, когда в полдень солдаты Цезаря, не удовлетворившегося половинной победой, начали штурмовать лагерь. Помпей, пробудившись от своего оцепенения, поспешно переменил платье и, сев на лошадь, бежал с немногими другими по направлению к Лариссе, Солдаты Цезаря с удивлением увидели, что в лагере Помпея все палатки увенчаны миртовыми ветвями и украшены разноцветными коврами; кругом стояли сосуды, полные вина, на столах – кубки; неприятель, очевидно, сделал все приготовления к победе. Утомленные победители надеялись, что им можно будет расположиться на месте врагов и воспользоваться их праздником; но торжествовать было еще рано, следовало еще окружить окопами возвышение, на котором находилась большая часть рассеянного неприятельского войска. На следующее утро осажденные, испытывая недостаток в воде, спустились на равнину и сложили оружие. Цезарь в этой битве, по его собственным показаниям, потерял только 200 солдат и 30 центурионов; другие определяли его потерю в 1 200 человек. Из воинов Помпея пало до 15 тыс., более 24 тыс. сдались. Победитель обошелся с ними весьма мягко. Еще на поле битвы он приказывал воинам щадить граждан; после битвы он отпустил попавших в его руки сенаторов и всадников, не причинив им никакого вреда, а пленных солдат включил в свои войска.

Звезда Помпея потухла. Оставив свое рассеянное войско, он бежал через Лариссу в Темпейскую долину. Здесь, умирая от жажды, он бросился на землю и напился из реки Пенея; затем снова встал и побежал через долину к морскому берегу. Проведя остаток ночи в рыбачьей хижине, он поехал в лодке вдоль берега по морю, пока не встретил римское торговое судно, которое перевезло его на остров Лесбос. Его сопровождали только немногие, в том числе и царь Дейотар; Фавоний, бывший претор, услуживал ему во время этого переезда, как раб своему господину, так как Помпей, прежде чем взойти на корабль, отпустил своих рабов. На Лесбосе находилась жена Помпея, Корнелия, со своим младшим сыном; он отослал ее сюда раньше, заботясь о ее безопасности. Так как он не решился пристать к Митидене, то послал к Корнелии вестника, который пригласил ее к нему на корабль. Несчастная женщина грезила о победах своего мужа, а теперь он являлся к ней беглецом, неуверенным даже в своей жизни. Когда вестник более слезами, чем словами познакомил ее с несчастной судьбой ее мужа, она упала на землю и долго лежала без слов и без движения. Снова придя в себя, она поспешила отправиться из города на берег моря. Там, жалуясь на себя и на несчастный жребий своего мужа, она бросилась в объятия вышедшего ей навстречу Помпея. Он утешал ее, указывая на будущее, которое при новом счастливом повороте судьбы может возвратить им все ими утраченное. Взяв жену и друзей своих на корабль, он отправился на юг, к азиатскому берегу, не зная, куда ему ехать. В Атгаде, в Памфилии, он нашел несколько трирем из Киликии, вокруг него стали собираться солдаты, и он снова увидел себя окруженным 60 сенаторами. Он мог надеяться найти себе еще где-нибудь убежище, где бы ему можно было собрать своих друзей и войско для продолжения борьбы.