Цезарь весьма поспешно и с небольшим войском преследовал Помпея, бежавшего в Египет. С 35 кораблями, 3 700 человек пехоты и 800 конницы он высадился в Александрии, где убийцы Помпея принесли ему голову убитого. Слезы, выступившие у Цезаря при взгляде на эту голову, были непритворны. Царь Птолемей и его сестра Клеопатра вели друг с другом войну за власть. Цезарь, пленившись прелестями Клеопатры, уладил этот спор и помирил споривших; но Потин, евнух, опекун царя и соучастник в убийстве Помпея, видел, что мир опасен для его собственного существования, и, не доверяя Цезарю, поднял против Цезаря население Александрии, сделав попытку отравить его на пиру, устроенном в честь примирения. Один раб выдал его, и он был казнен. В это время египетское войско, 20 тыс. пехоты и 2 тыс. конницы, под начальством Ахилла, союзника Потина, вступило в Александрию и вместе с гражданами и их рабами напало на Цезаря, который укрепился в одной части города Брухиума и оказался в весьма опасном положении будучи окружен с моря и с суши. Наместник Азии Домиций Кальвин послал ему на помощь один легион; Цезарь удачно ввел этот легион в город, и затем начались сражения на море и на улицах. В одном сражении, происходившем между Брухиумом и островом Фаросом, Цезарю пришлось так плохо, что он вынужден был с частью своих людей отступить на стоявшие неподалеку суда, а так как его судно, переполненное людьми, могло потонуть, то он поплыл к другому судну, после чего первое потонуло. Между тем из Киликии, Сирии и других пограничных областей явились в Египет и в область Пелузиума значительные подкрепления под начальством Митридата. Птолемей, которого Цезарь взял в плен, но потом отпустил, вышел во главе войска навстречу римским войскам, но был разбит, так как Цезарь между тем соединился с Митридатом; он бежал и во время бегства утонул в Ниле. Этим кончилась Александрийская война. Цезарь возвратился в Александрию, которая теперь стала просить о пощаде и получила ее. Правление он передал Клеопатре и ее младшему брату Птолемею, который должен был жениться на ней. Пробыв в Египте 9 месяцев, с начала октября 48 до июля 47 г., он оставил эту страну и, оставив там все свое войско, за исключением одного легиона, отправился в Сирию, а оттуда в Малую Азию, чтобы наказать Фарнака, сына Митридата Великого.

Фарнак, как мы уже видели, овладел Боспорским царством своего отца; он воспользовался междоусобицей в Риме, чтобы снова покорить Понтийское царство. Разбив при Никополе легата Цезаря, Домиция Кальвина, он же не встретил дальнейшего сопротивления. Обстоятельства требовали возвращения Цезаря в Италию, но он не хотел оставлять Азию, пока не усмирит Фарнака. Он перешел через Тавр и двинулся через Каппадокию в Понт, еще с четырьмя легионами в четырехчасовом сражении при Целе одержал решительную победу над войском Фарнака. Это было 2 августа, в тот самый день, в который два года назад легаты Помпея сдались Цезарю в Испании. Фарнак с немногими всадниками бежал и затем был умерщвлен своим вельможей Азандером. Битва при Целе была ожесточенная; но вся война была закончена в пять дней. В порыве радости при столь быстром успехе Цезарь написал своему доверенному лицу в Рим известные слова: «Veni, vidi, vici» – пришел, увидел, победил.