Цицерон прибыл к стенам Рима 4 января 49 г. и попал «прямо в разгар гражданской усобицы»: борьба между Помпеем и приверженной к нему сенатской партией, с одной стороны, и Цезарем – с другой тогда именно грозила перейти в междоусобную войну. Из-за военных подвигов его в Киликии Цицерон питал надежду на триумф и поэтому остался за городом со своими ликторами, носившими пучки, перевитые лаврами; но среди бурь честолюбивые его надежды рушились, хотя он целый год водил с собой своих ликторов. Когда вспыхнула война, он после некоторого колебания примкнул к Помпею, так как он с этой стороны все же надеялся прежде всего на сохранение республики, которую Цезарь, видимо, намеревался сокрушить. Цицерон последовал за Помпеем в Грецию, хотя и не одобрял его бегства и его образа действия вообще и ждал мало добра для государства от победы оптиматской партии; но во время битвы при Ферсале он лежал больной в Диррахиуме. После этого сражения он считал борьбу конченной. На совещании, которое вожаки побежденной партии имели между собой в Корцире, он отклонил от себя предложение Катона принять главное начальство над войском, и в то время как большинство помпейцев обратилось в Африку, он вернулся в Италию, где в самом угнетенном настроении ожидал в Брундизиуме возвращения Цезаря из Египта. Когда же последний в начале сентября 47 г. высадился, наконец, в Таренте, то Цицерон поспешил ему навстречу, чтобы установить с ним мир. Цезарь отнесся к 66-летнему мужу, все еще пользовавшемуся большим почетом, с дружеской предупредительностью. Когда Цицерон стал к нему подходить, то Цезарь оставил свои носилки и обнял его; затем он с одним Цицероном пошел впереди других и долго с ним совещался. И с тех пор он всегда относился к нему, говорит Плутарх, с уважением и любовью.

Но Цицерон не мог свыкнуться с новым порядком вещей. Сердце его было привязано к прошедшему, к республике, спасение которой было самым славным делом его жизни; владычество одного – хотя бы этот один и был наилучшим, хотя бы этот владыка и относился к нему с возможной мягкостью и внимательностью – было противно его внутреннему чувству, огорчало его, тем более что он после продолжительного блестящего поприща был осужден на бездействие, обречен на роль незначительную. К тому же и несчастные семейные обстоятельства, как развод с его супругой Теренцией, разлад с его братом и всего более смерть его любимой дочери Тулии причинили ему немало горя и печали. Поэтому он удалился от общественной жизни и проживал большей частью на своих виллах, где в тихом общении с природой и с науками искал развлечения, утехи и покоя. В особенности он много занимался философией, которой был предан смолоду. В эти годы он писал чрезвычайно много; так, к этому времени относятся книги «О крайних пределах добра и зла» (de finibus bonorum et malorum), «Академические исследования» (Academica), «Тускуданские рассуждения» (Tusculanae disputationes), «О природе богов» (de natura deorum), «О нравственных обязанностях» (de officiis), посвященные учившемуся в Афинах сыну и др., а также сочинения риторического содержания. Лишь изредка являлся он в город, чтобы защищать перед Цезарем того или иного из своих друзей или прежних единомышленников, таких как Марцелл, Лигарий, Дейотар.

Когда 15 марта 44 г. диктатор Цезарь пал под кинжалами заговорщиков, престарелый бывший деятель возрадовался заре новой свободы.