Во-первых , мир с Литвою казался не весьма надежным. Послы Баториевы, находясь в Москве для утверждения договора, объявили новые требования: хотели, чтобы Иоанн нигде не писался в титуле Ливонским и признал всю Эстонию законным Стефановым владением. Бояре только отчасти удовлетворили сему требованию, дав им грамоту с обязательством не воевать Эстонии в течение десяти лет. Иоанн присягнул, Баторий также, исполнять честно все условия; но Литовские Воеводы силою занимали места в уездах Торопецком, Луцком, Велижском; не хотели определить ясных границ между обеими державами; обижали, бесчестили наших сановников; затрудняли обещанный размен пленников: взяли за Федора Шереметева 20 тысяч золотых, или около 7000 рублей, и 280 соболей, за Князя Татева 4114, за Князя Хворостинина 3228, за Черемисинова 4457 рублей, но других держали в неволе. Стефан в ласковых сношениях с Царем то находил жалобы его справедливыми, обязываясь немедленно унять дерзость Литовских чиновников, то винил Россиян, оправдывая своих, и принудил Иоанна послать на границу (в Сентябре 1583 года) 2000 Детей Боярских и стрельцов, чтобы защитить ее жителей от дальнейших утеснений Витебского Воеводы Паца, который основал новую крепость на земле Российской. Одним словом, несмотря на всю малодушную терпеливость Иоаннову, неприятельские действия с сей стороны легко могли возобновиться.

Во-вторых , общий бунт внезапно вспыхнул в земле луговых Черемисов, столь опасный и жестокий, что Казанские Воеводы никак не могли усмирить его. Встревоженный Государь (в Октябре 1582 года) послал к ним войско с Князем Елецким; сведав же, что бунт не утихает, велел идти туда из Мурома знатнейшим Полководцам Князьям Ивану Михайловичу Воротынскому и мужественному Дмитрию Хворостинину. Новые вести еще более устрашили Москву: узнали, что Хан Магмет-Гирей, вопреки мирной грамоте, сносится с Черемисскими мятежниками и готов устремиться на Россию; что Ногаи, дотоле верные, им и Сибирским Царем возбуждаемые, грабят в Камских пределах. Надлежало вдруг действовать всеми силами: отрядили войско к Каме; другое под начальством Князей Федора Мстиславского, Курлятева, Шуйских, заняло берега Оки; третие плыло на судах Волгою к Свияжску. Хан не дерзнул вступить в Россию; но бунт Черемисский продолжался до конца Иоанновой жизни с остервенением удивительным: не имея ни сил, ни искусства для стройных битв в поле, сии дикари свирепые, озлобленные, вероятно, жестокостию Царских чиновников, резались с Московскими воинами на пепле жилищ своих, в лесах и в вертепах, летом и зимою; хотели независимости или смерти. Для стеснения мятежников Воевода Князь Туренин основал тогда крепость Козмодемьянск.

Таким образом, купив дорогою ценою перемирие с Литвою, чтобы потоптать Швецию, но, вместо успехов важных, имев стыд безмолвно уступить ей и города Эстонские и самую древнюю собственность России — снова опасаясь и Батория и Хана — наконец видя кровопролитный мятеж в восточных пределах своей Державы, Иоанн, как уверяют, изъявлял наружное спокойствие; по крайней мере не терял бодрости в делах государственных, внутренних и внешних; жил в Москве, уже оставив злосчастную Александровскую Слободу, где, для его воображения, обитала кровавая тень убитого им сына; присутствовал в Думе Боярской; угощал Послов Шаха Персидского, Султанова, Бухарских, Хивинских, находясь в тесном дружестве с преемником Тамасовым, Годабендом, как с неприятелем опасной для нас Оттоманской Империи, — Султану изъявляя учтивость, но ни слова не говоря ему ни о войне, ни о мире: дозволяя только его купцам ездить в Москву и на Азиатские парчи выменивать соболей — с Царями Держав Каспийских также имея единственно дела торговые.