[1565 г.] 3 Генваря вручили Митрополиту Иоаннову грамоту, присланную с чиновником Константином Поливановым. Государь описывал в ней все мятежи, неустройства, беззакония Боярского правления во время его малолетства; доказывал, что и Вельможи и приказные люди расхищали тогда казну, земли, поместья Государевы: радели о своем богатстве, забывая отечество; что сей дух в них не изменился; что они не перестают злодействовать: Воеводы не хотят быть защитниками Христиан, удаляются от службы, дают Хану, Литве, Немцам терзать Россию; а если Государь, движимый правосудием, объявляет гнев недостойным Боярам и чиновникам, то Митрополит и Духовенство вступаются за виновных, грубят, стужают ему. «Вследствие чего, — писал Иоанн, — не хотя терпеть ваших измен, мы от великой жалости сердца оставили Государство и поехали, куда Бог укажет нам путь». — Другую грамоту прислал он к гостям, купцам и мещанам: Дьяки Путило Михайлов и Андрей Васильев в собрании народа читали оную велегласно. Царь уверял добрых Москвитян в своей милости, сказывая, что опала и гнев его не касаются народа.

Столица пришла в ужас: безначалие казалось всем еще страшнее тиранства. «Государь нас оставил! — вопил народ: — мы гибнем! Кто будет нашим защитником в войнах с иноплеменными? Как могут быть овцы без пастыря?» Духовенство, Бояре, сановники, приказные люди, проливая слезы, требовали от Митрополита, чтобы он умилостивил Иоанна, никого не жалея и ничего не страшася. Все говорили ему одно: «Пусть Царь казнит своих лиходеев: в животе и в смерти воля его; но Царство да не останется без главы! Он наш владыка, Богом данный: иного не ведаем. Мы все с своими головами едем за тобою бить челом Государю и плакаться ». То же говорили купцы и мещане, прибавляя: «Пусть Царь укажет нам своих изменников: мы сами истребим их!» Митрополит немедленно хотел ехать к Царю; но в общем Совете положили, чтобы Архипастырь остался блюсти столицу, которая была в неописанном смятении. Все дела пресеклись; суды, Приказы, лавки, караульни опустели. Избрали главными Послами Святителя Новгородского Пимена и Чудовского Архимандрита Левкия; но за ними отправились и все другие Епископы: Никандр Ростовский, Елевферий Суздальский, Филофей Рязанский, Матфей Крутицкий, Архимандриты Троицкий, Симоновский, Спасский, Андрониковский; за Духовенством Вельможи, Князья Иван Дмитриевич Бельский, Иван Федорович Мстиславский, — все Бояре, Окольничие, Дворяне и Приказные люди, прямо из палат Митрополитовых, не заехав к себе в домы; также и многие гости, купцы, мещане, чтобы ударить челом Государю и плакаться .

Святители остановились в Слотине, послав доложить о себе Иоанну: он велел им ехать в Александровскую Слободу с Приставами и 5 Генваря впустил их во дворец. Сказав Царю благословение от Митрополита, Епископы слезно молили его снять опалу с Духовенства, с Вельмож, Дворян, Приказных людей, не оставлять Государства, Царствовать и действовать, как ему угодно; молили наконец, чтобы он дозволил Боярам видеть очи Царские. Иоанн впустил и Бояр, которые с таким же умилением, с такою же силою убеждали Царя сжалиться над Россиею, возвеличенною его победами и мудрыми уставами, славною мужеством ее народа многочисленного, богатою сокровищами природы, еще славнейшею благоверием. «Когда, — сказали вместе и духовные и государственные сановники, — когда ты не уважаешь мирского величия и славы, то вспомни, что, оставляя Москву, оставляешь святыню храмов, где совершились чудеса Божественной к тебе милости, где лежат целебные мощи Угодников Христовых. Вспомни, что ты блюститель не только Государства, но и Церкви: первый, единственный Монарх Православия! Если удалишься, кто спасет истину, чистоту нашей Веры? Кто спасет миллионы душ от погибели вечной?» — Царь ответствовал с своим обыкновенным многоречием: повторил все известные упреки Боярам в их своевольстве, нерадении, строптивости: ссылался на историю: доказывал, что они издревле были виновниками кровопролития, междоусобия в России, издревле врагами державных наследников Мономаховых: хотели (обвинение новое!) извести Царя, супругу, сыновей его… Бояре безмолвствовали.