Так пишут очевидцы: в Июле месяце 1568 года, в полночь, любимцы Иоанновы Князь Афанасий Вяземский, Малюта Скуратов, Василий Грязной с Царскою дружиною вломились в домы ко многим знатным людям, Дьякам, купцам; взяли их жен, известных красотою, и вывезли из города. Вслед за ними, по восхождении солнца, выехал и сам Иоанн, окруженный тысячами кромешников. На первом ночлеге ему представили жен: он избрал некоторых для себя, других уступил любимцам, ездил с ними вокруг Москвы, жег усадьбы Бояр опальных, казнил их верных слуг, даже истреблял скот, особенно в Коломенских селах убитого Конюшего Федорова; возвратился в Москву и велел ночью развезти жен по домам: некоторые из них умерли от стыда и горести.

Убегая Митрополита, Царь однако ж видал его в церкви. В день Св. Апостолов Прохора и Никанора, 28 июля, Филипп служил в Новодевичьем монастыре и ходил по стене с крестами: тут был и Царь с опричниками, из коих один шел за ним в тафье : Митрополит, увидев сие бесчиние, остановился и с негодованием сказал о том Государю; но опричник уже спрятал свою тафью. Царя уверили, что Филипп выдумал сказку, желая возбудить народ против любимцев Государевых. Иоанн забыл всю пристойность: торжественно ругал Митрополита, называл лжецом, мятежником, злодеем; клялся, что уличит его во всем — и приступил к делу по совету с коварным Духовником своим, Благовещенским Протоиереем Евстафием, тайным Филипповым ненавистником. Немедленно отправились в Соловки Епископ Суздальский Пафнутий, Архимандрит Андрониковский Феодосий и Князь Василий Темкин, прежде воин именитый, тогда ревностный слуга тиранства, подобно Басмановым и другим. Надлежало ли так далеко искать клеветников гнусных? Но Царь хотел омрачить добродетель в самом ее светлом источнике; где Филипп прославился ею, там открыть его мнимое лицемерие и нечистоту душевную: сия мысль казалась Иоанну искусною хитростию. Послы Царские то ласкали, то ужасали Монахов Соловецких, требуя, чтобы они бесстыдно лгали на своего бывшего Игумена: все говорили, что Филипп свят делами и сердцем; но сыскался один, который дерзнул утверждать противное: их глава, Игумен Паисий, в надежде сделаться Епископом. Изобрели доносы, улики, представили Иоанну, и велели Митрополиту явиться на суд. Царь, Святители, Бояре сидели в молчании. Игумен Паисий стоял и клеветал на святого мужа с неслыханною дерзостию. Вместо оправдания бесполезного, Митрополит тихо сказал Паисию, что злое сеяние не принесет ему плода вожделенного; а Царю: «Государь, Великий Князь! Ты думаешь, что я боюся тебя или смерти: нет! Достигнув глубокой старости беспорочно, не знав в пустынной жизни ни мятежных страстей, ни козней мирских, желаю так и предать дух свой Всевышнему, моему и твоему Господу. Лучше умереть невинным мучеником, нежели в сане Митрополита безмолвно терпеть ужасы и беззакония сего несчастного времени. Твори, что тебе угодно. Се жезл Пастырский; се белый клобук и мантия, коими ты хотел возвеличить меня. А вы, Святители, Архимандриты, Игумены и все служители олтарей! Пасите верно стадо Христово; готовьтеся дать отчет и страшитеся Небесного Царя еще более, нежели земного». Он хотел удалиться: Царь остановил его; сказал, что ему должно ждать суда, а не быть своим судиею: принудил его взять назад утварь Святительскую и еще служить Обедню в день Архангела Михаила (8 Ноября). Когда же Филипп в полном облачении стоял пред олтарем в храме Успения, явился там Боярин Алексей Басманов с толпою вооруженных опричников, держа в руке свиток. Народ изумился. Басманов велел читать бумагу: услышали, что Филипп собором Духовенства лишен сана Пастырского.