В сем общем глубоком молчании раздался только один голос — Князя Великого. С юных лет зная твердо уставы Церкви и мнения Святых Отцов о Символе Веры, Василий увидел отступление Греков от ее правил, воспылал ревностию обличить беззаконие, вступил в прение с Исидором и торжественно наименовал его лжепастырем, губителем душ, еретиком; призвал на совет Епископов, Бояр, искусных в книжном учении, и велел им основательно рассмотреть Флорентийскую Соборную грамоту. Все прославили ум Великого Князя. Святители и Вельможи сказали ему: «Государь! Мы дремали; ты един за всех бодрствовал, открыл истину, спас Веру: Митрополит отдал ее на злате Римскому Папе и возвратился к нам с ересью». Исидор силился доказать противное, но без успеха: Василий посадил его за стражу в Чудове монастыре, требуя, чтобы он раскаялся, отвергнув соединение с Латинскою Церковию. Таким образом хитрость, редкий дар слова и великий ум сего честолюбивого Грека, имев столь много действия на Флорентийском Соборе, где ученейшая Греция состязалась с Римом, оказались бессильными в Москве, быв побеждены здравым смыслом Великого Князя, уверенного, что перемены в Законе охлаждают сердечное усердие к оному и что неизменяемые догматы отцев лучше всяких новых мудрований. Узнав же, что Исидор чрез несколько месяцев тайно ушел из монастыря, благоразумный Василий не велел гнаться за ним, ибо не хотел употребить никаких жестоких мер против сего сверженного им Митрополита, который, въехав в Россию гордо, пышно и величаво, бежал из нее как преступник, в страхе, чтобы Москвитяне не сожгли его под именем еретика на костре.

Исидор благополучно достиг Рима с печальным известием о нашем упрямстве и в награду за свой ревностный подвиг занял одно из первых мест в Думе Кардиналов, еще именуясь Российским , а великий Князь, с согласия всех Епископов, вторично избрав Иону в Митрополиты, (в 1443 году) отправил Боярина Полуехта в Константинополь с грамотою к Царю и Патриарху, в коей описывает всю историю нашего Христианства со времен Владимира и говорит далее: «По кончине блаженного Фотия земля Русская несколько лет оставалась без духовного Пастыря, волнуемая нашествием варваров и внутренним междоусобием: наконец мы послали к вам Епископа Рязанского, Иону, мужа от юных лет благочестивого и добродетельного, желая, да поставите его в Митрополиты; но вы или от замедления нашего, или следуя единственно прихоти самовластия, дали нам Исидора. Богу известно, что я долго колебался и мыслил отвергнуть его; но ласковая грамота Патриархова, моление Посла вашего и сладкоречивое смирение Исидорово тронули мое сердце… Когда же он, вопреки своей клятве, изменил православию: тогда мы созвали боголюбивых Святителей нашей земли, да изберут нового достойнейшего Митрополита, как и прежде, в чрезвычайных случаях, у нас бывало. Но хотим соблюсти обряд древний: требуем твоего Царского согласия и Патриаршего благословения, уверяя вас, что никогда произвольно не отлучимся от Церкви Греческой, доколе стоит Держава Русская. И так ожидаем, что вы исполните мое прошение и не замедлите уведомить нас о вашем здравии, да возвеселимся духом ныне и присно и во веки веков.