Чтобы утвердить достоинство и права Российского священноначалия, написали уставную грамоту, изъясняя в ней, что Ветхий Рим пал от ереси Аполлинариевой , что Новый Рим , Константинополь, обладаем безбожными племенами Агарянскими; что третий Рим есть Москва; что вместо лжепастыря Западной Церкви, омраченной духом суемудрия, первый вселенский Святитель есть Патриарх Константинопольский, второй Александрийский, третий Московский и всея России , четвертый Антиохийский, пятый Иерусалимский; что в России должно молиться о Греческих, а в Греции о нашем, который впредь, до скончания века, будет избираем и посвящаем в Москве независимо от их согласия или одобрения. К наружным отличиям сего Архипастыря нашей церкви прибавили следующие: «Выход его должен быть всегда с лампадою, с пением и звоном; для облачения иметь ему амвон о трех степенях; в будни носить клобук с Серафимами и крестами обнизными, мантии объяринные и всякие иные с полосами; ходить в пути с крестом и жезлом; ездить на шести конях». Тогда же Государь с двумя Патриархами соборно уложил быть в России четырем Митрополитам : Новогородскому, Казанскому, Ростовскому и Крутицкому; шести Архиепископам : Вологодскому, Суздальскому, Нижегородскому, Смоленскому, Рязанскому, Тверскому — и осьми Епископам : Псковскому, Ржевскому, Устюжскому, Белозерскому, Коломенскому, Северскому, Дмитровскому.

Участвуя более именем, нежели делом, в сих церковных распоряжениях, Иеремия, Митрополит Монемвасийский и Архиепископ Элассонский ездили между тем в Лавру Сергиеву, где, равно как и в Московских храмах, удивлялись богатству икон, сосудов, риз служебных; в столице обедали у Патриарха Иова, славя мудрость его беседы; славили также высокие достоинства Годунова и редкий ум старца, Андрея Щелкалова; всего же более хвалили щедрость Российскую: ибо их непрестанно дарили, серебряными кубками, ковшами, перлами, шелковыми тканями, соболями, деньгами. Представленные Царице, они восхитились ее святостию, смиренным величием, ангельскою красотою, сладостию речей, равно как и наружным великолепием. На ней была корона с двенадцатью жемчужными зубцами, диадема и на груди златая цепь, украшенная драгоценными каменьями; одежда бархатная, длинная, обсаженная крупным жемчугом, и мантия не менее богатая. Подле Царицы стоял Царь, а с другой стороны Борис Годунов, без шапки, смиренно и благоговейно; далее многие жены знатные, в белой одежде, сложив руки. Ирина с умилением просила Святителей Греческих молить Бога, чтобы он даровал ей сына, наследника Державе — «и все мы, тронутые до глубины сердца (говорит Архиепископ Элассонский в описании своего путешествия в Москву) вместе с нею обливаясь слезами, единогласно воззвали ко Всевышнему, да исполнится чистое, столь усердное моление сей души благочестивой!» — Наконец Государь (в мае 1589) отпустил Иеремию в Константинополь с письмом к Султану, убеждая его не теснить Христиан, и сверх даров послал туда 1000 рублей, или 2000 золотых монет Венгерских, на строение новой Патриаршей церкви, к живейшей признательности всего Греческого Духовенства, которое, Соборною грамотою одобрив учреждение Московской Патриархии, доставило Феодору сию хартию (в Июне 1591) чрез Митрополита терновского, вместе с Мощами Святых и с двумя коронами, для Царя и Царицы.