Карая великодушие, Годунов с такою же дерзостию наградил злодеяние, дав богатые земли и поместья гнусной мамке Волоховой, жене и дочерям Битяговского; осыпал дарами мужей Думных и всех знатных сановников; ласкал их, угощал обедами роскошными (не мог успокоить одного Клешнина, в терзаниях совести умершего чрез несколько лет Схимником)… Но в безмолвии Двора и Церкви слышен был ропот народа, не обманутого ни следствием Шуйского, ни приговором Святителей, ни судом Боярским: лазутчики Годунова слышали вполголоса произносимые слова о страшном заклании, тайном его виновнике, жалостном ослеплении Царя, бессовестном потворстве Вельмож и Духовенства; видели в толпах печальные лица. Борис, тревожимый молвою, нашел способ утишить оную, в великом бедствии, которое тогда постигло столицу. Накануне Троицы, в отсутствие Государя, уехавшего с Боярами в Лавру Св. Сергия, запылал в Москве двор Колымажный, и в несколько часов сгорели улицы Арбатская, Никитская, Тверская, Петровская до Трубы, весь Белый город и за ним Двор Посольский, слободы Стрелецкие, все Занеглинье: домы, лавки, церкви и множество людей. Кремль и Китай, где жило знатное Дворянство, уцелели; но граждане остались без крова, некоторые и без имения. Стон и вой раздавались среди обширного пепелища, и люди толпами бежали на Троицкую дорогу встретить Феодора, требовать его милости и помощи: Борис не допустил их до Царя; явился между ими с видом любви и сожаления, всех выслушал, всем обещал, и сделал обещанное: выстроил целые улицы, раздавал деньги, льготные грамоты; оказывал щедрость беспримерную, так, что Москвитяне, утешенные, изумленные сими благодеяниями, начали ревностно славить Годунова. Случайно ли воспользовался он несчастием столицы для приобретения любви народной, или был тайным виновником оного, как утверждает летописец и как думали многие из современников? В самых Разрядных книгах сказано, что Москву жгли тогда злодеи; но Борис хотел обратить сие подозрение на своих ненавистников: взяли людей Афанасия Нагого и братьев его, допрашивали и говорили, что они уличаются в злодействе; однако ж не казнили их, и дело осталось неясным для потомства.

Скоро и другой, как бы благоприятный для Годунова случай, великою, неожиданною опасностию взволновав Москву и всю Россию, отвлек мысли народа от ужасной Димитриевой смерти: нашествие варваров. Маня Феодора уверениями в дружестве, Хан Казы-Гирей сносился с Королем Шведским, требовал от него золота, обещал сильным впадением поколебать Москву и действительно к тому готовился, исполняя приказ Султана, врага нашего, и будучи сам недоволен Россиею: во-первых, он сведал, что мы тайно известили Литовских Панов о намерении его снова идти на их землю и предлагали им общими силами воевать Тавриду (о чем, вероятно, дал ему знать Король Сигизмунд); во-вторых, Феодор не отпустил Царевича Мурата к Хану, который убедил сего племянника забыть старое и хотел сделать Калгою, или главным Вельможею Орды Таврической: Мурат жил в Астрахани, неизменно усердствовал России, обуздывал Ногаев и, к искреннему сожалению Феодора, скоропостижно умер, испорченный , как думали, подосланными к нему из Крыма злодеями; но Хан утверждал, что Россияне ядом отравили Мурата, и клялся отмстить им. Третиею виною Казы-Гиреева ополчения на Россию была мысль его Князей, что каждый добрый Хан обязан, в исполнение древнего обычая, хотя однажды видеть берега Оки для снискания воинской чести: то есть они желали Русской добычи и верили бывшему у них послу Шведскому, что все наше войско занято войною с Королем его.