Расцвет культуры и науки при Улугбеке в то же время соседствовал с ухудшением положения в стране. Это было характерно не только для земель Самарканда, где мир и красоту можно было ощущать лишь во дворце Улугбека. Огромная империя Тимура после смерти Шахруха стала стремительно разваливаться: Западный Иран и Фарс взял Мухаммед-султан, Гурган и Астрабад — Абу-л-Касим. Бабур, Хорасан и Герат — Алауддоулэ; земли по обоим берегам Амударьи — Балх, Хутгалан, Кудуз, Баглан, Арханга, Сали Сарай, Андхуд, Шибирган, Меймене, Фараб — сын Улугбека, главнокомандующий войском Шархруха, Абдуллатиф, Иран и Азербайджан вернул себе Джехан-шах из династии Кара-Куюнкулу. Улугбеку удалось с трудом отобрать у Алаудцоулэ присвоенные им территории, но настроения в стране были таковы, что Улугбеку пришлось оставить Хорасан и вернуться в Самарканд.

Выехал он с казной, саркофагом отца и прочими богатствами, но в дороге был разбит и ограблен сначала мятежным эмиром Хиндуком, затем кочевыми узбеками. Хорасан был потерян, и Улугбек думал вернуться туда весной, с новыми силами. Но этому уже было не суждено свершиться. Против Улугбека выступил его собственный сын Абдуллатиф. Он в отличие от отца не был ученым, его не привлекал вид звездного неба, но он очень хорошо знал свое дело — войну. Абдуллатиф, может быть, и не выступил бы против своего отца, если бы тот не решил „поставить“ сына на место.

Оказалось, однако, что сделать это не просто. Абдуллатиф был хорошим воином. Его войско разгромило отряды Улугбека, а самого Улугбека взяло в плен. Над Улугбеком был устроен суд по всем правилам шариата, суд приговорил (по показанию некоего свидетеля, требующего мщения за убитого Улугбеком отца) лишить бывшего правителя жизни. Суд был тайной для самого Улугбека. Абдуллатиф обещал сверженному отцу путешествие в Мекку. Но Мекка, о которой говорил Абдуллатиф, была несколько заоблачного свойства.

Как говорит Бартольд:

„…Улугбек вместе с хаджи вечером выехал верхом из Самарканда; он был весел и разговаривал обо всем. Когда они проехали небольшое расстояние, их догнал какой-то чагатай из рода сулдузов и от имени хана велел им остановиться в соседней деревне, чтобы могли быть закончены приготовления к путешествию Улугбека; Улугбек будто бы должен был совершить путешествие в такой обстановке, которая вызвала бы одобрение „малых и больших, таджиков и турков“. Очень смущенный этим распоряжением, Улугбек был вынужден остановиться в соседней деревне и вошел в один из домов. Было холодно; Улугбек велел развести огонь и сварить мясо. Искра от пламени, разведенного нукерами, упала на плащ Улугбека и сожгла часть его; Улугбек посмотрел на огонь и сказал по-турецки: „Сен хем бильдин“ („ты тоже узнал“). Мысли Улугбека приняли мрачное направление; хаджи тщетно старался его утешить. Вдруг отворилась дверь, и вошел Аббас с другим человеком; увидев Аббаса, Улугбек, не помня себя, бросился на него и ударил его кулаком в грудь; спутник Аббаса удержал Улугбека и сорвал с его плеч „алтайскую шубу“; Аббас ушел за веревкой. Хаджи запер за ним дверь на цепь, чтобы Улугбек успел совершить омовение. Когда Аббас вернулся, Улугбек был связан и вытащен на двор; хаджи и другие спутники Улугбека попрятались по углам; Аббас посадил Улугбека у горевшего фонаря и одним ударом меча покончил с ним; хаджи и нукеры вернулись в Самарканд“.

После гибели Улугбека Абдуллатиф расправился и со своим братом-соперником Абдулазизом (того очень любил Улугбек), и с приближенными к Улугбеку эмирами, все они были казнены все по тому же приговору шариатского суда. Отцеубийца просидел на престоле совсем недолго: сразу после восшествия на престол он стал наводить в стране порядок такого рода, что, по словам современников, не оказывалось почтения старости и снисхождения юности, то есть казнили всех.