Пятое заседание собора происходило 26 января 880 года в том же отделении Софийского храма, где имели место и другие его заседания, начиная со второго. Первым делом отцов собора на пятом заседании было утвердить авторитет седьмого Вселенского собора. Патриарх Фотий в краткой речи сделал следующее заявление: «Собор, бывший при патриархе Тарасии в Никее, давно уже причислен к числу Вселенских в Церкви Константинопольской, но не так в других странах: в Церкви Римской и в восточных патриархатах, хотя определения названного собора и принимаются, но он не почитается равным прочим Вселенским соборам и не именуется «седьмым Вселенским собором»». Вследствие этого Фотий предложил во всех Церквах принять вышеуказанный собор как собор Вселенский седьмой. Можно полагать, что кроме тех побуждений к рассуждению о Никейском соборе 787 года, какие указаны Фотием, у него могли быть и другие побуждения высоко поднять авторитет этого собора. Сам Фотий был жарким врагом иконоборцев и заявил себя полемикой в пользу иконопочитания: поднятие авторитета собора могло быть некоторого рода санкцией его, фотия, противоиконоборческой деятельности. С другой стороны, руководителем собора 787 года был Тарасий, патриарх Константинопольский, избранный в епископы, подобно Фотию, прямо из мирян; очень возможно, что Фотию желательно было доставить возможно больший авторитет собору 787 года, ибо с этим вместе как возвышался авторитет Церкви Константинопольской (что было очень важно ввиду притязаний папства), так и отнималась возможность ставить Фотию в упрек избрание его в епископы из мирского звания. Наперед можно угадывать, как принято вышеуказанное предложение Фотия на соборе. Римские легаты или, точнее, легат Петр, заявили, что Церковь Римская всегда принимала определения Никейского собора 787 года, а теперь будет считать его наравне с прочими Вселенскими соборами и именовать его седьмым Вселенским собором. Тот же Петр провозгласил: «Кто не признает второй Никейский собор Вселенским собором, тому — анафема». Прочие члены собора повторили это заявление легата. В подобном же роде высказались и уполномоченные восточных патриархов — Василий Мартиропольский и Илия из Иерусалима.

Одной из важных задач деятельности собора было — примирение игнатиан с Фотием, вторично занявшим Византийскую кафедру. Есть основания допускать, что это дело собором ведено было не без успеха. Но оставались и такие игнатиане, которые ни под каким видом не соглашались войти в общение с Фотием и признать его законным патриархом. Во главе таких стоял Митрофан, митрополит Смирнский, ревностный и деятельный приверженец Игнатия и церковной политики пап Николая и Адриана. Для собора очень важно было привлечь на свою сторону этого Митрофана, но этот последний оставался упорен и непреклонен. В пятом заседании собора находим довольно подробное рассуждение по делу Митрофана Смирнского. Папские легаты тотчас после рассуждений относительно авторитета седьмого Вселенского собора сделали предложение послать к Митрофану, который, очевидно, находился в Константинополе, депутацию и спросить его: согласен ли он примкнуть к церковному единству, т. е. принять Фотия патриархом? Для указанной цели избраны были собором три митрополита (очень почетное посольство) — Василий Критский, Григорий Сельгийский и преемник Митрофана на кафедре Смирнской (как упорный игнатианин, Митрофан лишен был кафедры) Никита. Эти митрополиты отправились к Митрофану и от имени собора и папских легатов приглашали его явиться на собор с целью заявить о своих расположениях и дать ответ, по какой причине он, Митрофан, отделяется от Церкви.