Ближние бояре наскоро приняли какие-то меры для обороны дворца. Кремль наглухо заперли, вооружив всех жильцов и другие придворные чины; а к утру велели собраться и явиться ко дворцу всем наемным немцам с их офицерами. Когда этот немецкий отряд в полном вооружении подошел к Кремлевским воротам, у последних уже стояли вновь собравшиеся густые толпы мятежников; однако они не тронули немцев и пропустили их в Кремль. Между тем как часть бунтующей черни вновь занялась грабежом, эти мятежные толпы громкими криками требовали у царя выдачи Морозова, Плещеева и Траханиотова. По совету с боярами царь решил выслать Плещеева для всенародной казни через палача. Но толпа не стала ждать чтения смертного приговора и соблюдения всех формальностей; она вырвала несчастного из рук палача и притащила на торговую площадь; дубинами раздробили ему голову, а потом топорами разрубили на части труп и бросили в грязь. Но тщетно надеялись этим убийством удовлетворить народную ярость. Покончив с Плещеевым, чернь опять стала вопить, чтобы ей выдали Морозова и Траханиотова.

Для увещания мятежников вышло на Лобное место духовенство, с патриархом Иосифом и с иконой Владимирской Божьей Матери; вместе с духовенством высланы были и многие дворяне, во главе которых находились наиболее популярные бояре царский дядя Никита Иванович Романов и князья Дмитрий Мамстрюкович Черкасский и Михаил Петрович Пронский. Никита Иванович снял свою боярскую шапку и обратился к народу от имени государя, прося не требовать выдачи Морозова и Траханиотова. Народ, однако, продолжал настаивать на их выдаче. Тогда сам царь, окруженный боярами, вышел к Спасским воротам и просил подождать еще два дня, чтобы обсудить дело; во всяком случае, обещал удалить обоих виновных из Москвы и ни к каким делам их более не назначать. В исполнение своего обещания он приложился к Спасову образу. Как ни была озлоблена толпа, однако уступила просьбам и обещанию государя, затихла и начала расходиться по домам.

Но в Москве было много хищных злоумышленников, которым не понравилось такое скорое прекращение смуты и возможности заниматься грабежом. Вероятно, действовали тут и непримиримые враги Морозова и Траханиотова, пылавшие к ним местью за обиды и жаждавшие их гибели.

В тот же день 3 июня после обеда в пяти разных местах вспыхнул пожар, несомненно от поджогов. Пламя быстро распространилось с несокрушимой силой и охватило часть Белого города, от Петровки и Неглинной до Чертольских ворот, также прилегающее значительное пространство Земляного города за воротами Никитскими, Арбатскими и Чертольскими, включая расположенные здесь стрелецкие слободы и государев Остожный двор. Особенно сильный огонь свирепствовал на большом базаре, где горел главный царский кабак или Кружечный двор (на Красной площади); от него грозила опасность и самому Кремлю; но, если верить одному иноземцу, когда голову и неподалеку лежавшие разрубленные части трупа Плещеева, по совету одного монаха, притащили и бросили в огонь, пожар в этом месте начал утихать. Меж тем чернь более занималась грабежом горевших и соседних домов, чем тушением пожара; значительная часть ее набросилась на винные бочки в помянутом кабаке, выбивала у них дно и, черпая водку шапками, сапогами, рукавицами, напивалась до бесчувствия; причем многие задыхались в дыму. Пожар продолжался весь остаток дня и всю ночь. Он истребил от 10 до 15 тысяч домов; более полутора тысяч людей погибли от огня и дыма. Так как при этом погорели ряды житный, мучной и солодяной, то хлеб тотчас вздорожал к вящему озлоблению погорельцев и вообще бедных людей. А тут еще в народе была пущена молва, будто схваченные и пытанные поджигатели сознались, что Борис Морозов и Петр Траханиотов подкупили их выжечь всю Москву из мести к народу. Само собой разумеется, только что затихший мятеж вспыхнул с новой силой.

Утром 4 июня народ опять скопился у Кремлевских ворот и требовал выдачи обоих сановников. Им отвечали, что оба они бежали. В действительности Траханиотова сам царь поспешил было удалить из Москвы; Морозов также пытался бежать; но по выходе из Кремля попался навстречу извозчикам и ямщикам, которые загородили ему дорогу; он ускользнул от них и успел тайным ходом пробраться назад в Кремль.