К опасностям внешним присоединилась еще и церковная распря.

При возведении св. Петра на митрополичий престол мы видели попытку галицкого князя основать особую митрополию для Юго-Западной Руси, по крайней мере утвердить в своих владениях его местопребывание. Попытка эта в то время окончилась неудачей. Но она непременно должна была повторяться все настойчивей по мере более и более утверждающегося политического разделения Руси на Восточную и Западную, с двумя особыми средоточиями. В сороковых годах XIV века, когда в константинопольской церкви происходили сильные богословские распри (по вопросу о свете Фаворском), в Галиче, с дозволения духовного Констатинопольского собора, открыта была особая митрополичья кафедра, которой подчинены были все епархии галицкие и волынские (Владимирская, Холмская, Перемышльская, Луцкая и Туровская). Это церковное отделение Юго-Западной Руси сильно огорчало митрополита Феогноста и великого князя Симеона Ивановича, и они обратились в Константинополь с жалобами на то к патриарху. Им помогла перемена в лицах. В 1347 году на византийском престоле сел Иоанн Кантакузен; тогда же переменился и патриарх, который был противником своего предшественника. По желанию императора и патриарха состоялось новое соборное постановление, которым отменена особая Галицкая митрополия и все ее епархии снова подчинены Феогносту, митрополиту Киевскому и всея Руси. Но он успокоился ненадолго. Политическая рознь обеих половин Руси продолжала действовать в этом вопросе. Ольгерд Литовский, владея большей частью западнорусских областей и самим Киевом, вскоре возобновил попытку или отделить их от церковного подчинения митрополиту, жившему в Москве, или снова утвердить местопребывание его в Киеве. Сначала он выставил соперником Феогносту какого-то инока Феодорита. Этот последний, потерпев неудачу в Констатинополе, уехал оттуда в Тернов и здесь болгарским патриархом был рукоположен в русского митрополита; затем прибыл в Киев и стал требовать себе подчинения от русских епархий. Но тогда цареградский патриарх со всем освященным собором осудил его, на основании канонов, и отрешил, о чем уведомил русских епископов (1352). Это решение, по-видимому, подействовало; по крайней мере, источники потом молчат о Феодорите. Но последовавшая вскоре кончина Феогноста подала повод Ольгерду снова выставить своего кандидата на митрополичью кафедру, что доставило много хлопот и огорчений Феогностову преемнику, знаменитому Алексею митрополиту.

Москва, как мы знаем, очень рано стала привлекать из других областей знатных и незнатных переселенцев, находивших здесь более спокойствия и безопасности. Особенно стремились сюда выходцы из Южной Руси, с одной стороны угнетаемой татарами, с другой — теснимой Литвой. В конце XIII века из разоренного татарами Чернигова выехал в Москву боярин Федор Бяконт (родоначальник Плещеевых) и вступил в службу Даниила Александровича. Боярин Федор, очевидно, пользовался княжеским расположением, так что восприемником его старшего сына Елевферия был Иван Данилович Калита, тогда еще юноша (около 1300 г.). Отрок Елевферий обнаружил большую охоту к учению книжному, а потом полюбил пост и молитву, сделался молчалив и мечтал о поступлении в монастырь, что немало печалило его родителей. На двадцатом году Елевферий наконец исполнил свое желание: вступил в Московский Богоявленский монастырь и постригся под именем Алексей. Здесь он сдружился с иноком Стефаном (старшим братом знаменитого впоследствии подвижника Сергия Радонежского).