Прежде всего, она означала повсеместную отмену кормлений. Отдельные исключения, которые имели место, не в счет. Возникающие органы власти кардинально отличались от прежних по способу комплектования: они были выборными, а не назначаемыми из центра; соблюдался принцип представительства от локальных сословных групп. В уездах с развитым феодальным землевладением во главе таких институтов стояли выборные головы или старосты из местных и, как правило, отставленных от службы детей боярских. В ближайшей перспективе вместо возможных двух-трех голов («излюбленных», «судейских», «губных») оставался один, в руках которого концентрировались все функции управителя и судьи. Его аппарат состоял из дьячка (подьячего) и целовальников из местных крестьян. Если в уезде были черносошные волости с собственным самоуправлением, оно было подконтрольно старосте в уезде.

Там, где государственное крестьянство численно преобладало (к примеру, в северных районах), в городах, где тяглых посадских людей считали хотя бы немногими десятками, выбирали земских старост, обычно из зажиточной верхушки. А в помощь — земского дьячка и целовальников. В больших уездах система самоуправления была двухуровневой: уезд — волость.

Новые институты власти на местах получили функции административного управления и суда. Первое включало все подлежащие регулированию стороны жизни, но прежде всего — раскладку, сбор и отправку в столицу налоговых сумм. Они же отвечали за исправное отбывание государевых повинностей. Новые органы осуществляли реализацию поступивших из центра распоряжений. В сфере суда они обладали заметно меньшими прерогативами. Хотя судейским, губным и земским старостам были подведомственны в первой инстанции некоторые уголовные дела высшей юрисдикции, они подлежали контролю столичных инстанций. В принципе произошло перераспределение судебных прерогатив в пользу Москвы. Становление представительных институтов на местах имело оборотной стороной усиление контроля со стороны центра. Это не могло не повлечь перестройки московских учреждений, что диктовалось также разраставшимися государственными потребностями.

Естественной основой для рождения новых ведомств стали Большой и областные дворцы, Казна (ее роль особенно велика), боярские комиссии. Хотя первые приказы появились ранее 50-х годов XVI в., реальное их рождение как системы управления происходило в эпоху Избранной рады. Обычно говорят о приказах трех видов. В первую группу входили учреждения с функциональными по преимуществу прерогативами в масштабах государства. Так упоминавшийся Посольский приказ ведал дипломатическими сношениями. Поместный — учетом земель, контролем над их оборотом, обеспечением поместьями служилых дворян, составлением исходной базы для государева фиска. В Разрядном приказе были сосредоточены функции по организации военного дела и воинской службы благородных сословий. Аналогичные задачи в отношении служилых людей по прибору исполняли возникшие немного позже Пушкарский и Стрелецкий приказы. Несколько приказов заведовали сбором прямых и косвенных налогов (Казна, приказ Большого прихода) и др. Сыском и судом по делам высшей уголовной юрисдикции ведал Разбойный приказ (он был верхней инстанцией для всех местных судов). В Холопьем приказе велся учет и осуществлялся контроль над всеми сделками с холопами.

Приказы второго вида надзирали в административно-управленческом и судебном планах над определенными территориями и отдельными разрядами населения. Такими были, по ряду функций, Большой и областной дворцы. В них и боярских судебных комиссиях судились обычно служилые люди по отечеству.