Еще один парадокс опричнины — первый полный по составу (включая представителей от купцов) Земский собор 1566 г . Он не был совещанием правительства со своими чиновниками (депутаты избирались, правда, из числа дворовых в Москве), и его роль вовсе не сводилась к единодушному одобрению позиции царя. Он действительно нуждался в мнениях сословий — продолжать ли войну с Литвой или мириться? Поддержка Собора, возможно, стала результатом ожиданий земщины, что царь распустит опричнину в условиях общественного согласия. Надежды не оправдались, а выступление против опричнины нескольких сотен дворян было подавлено, трое предводителей (участников Собора) были казнены. Удалось также царю сравнительно безболезненно поставить, нового митрополита — соловецкого игумена Филиппа (из рода Колычевых), уговорив его снять требование об отмене опричнины и взяв обязательство не вступаться в нее. На этом сравнительно спокойный период опричнины завершился, с 1567—1568 гг. маховик репрессий и террора стал раскручиваться с ужасающей быстротой.

Поводом стал донос, видимо В.А. Старицкого, о заговоре в его пользу с конюшим боярином И.П. Федоровым во главе. Заговорщики якобы собирались выдать царя Ивана Сигизмунду II во время боевых действий. Все это сомнительно. Оппозиционные разговоры, какие-то списки возможных сторонников Старицкого, какие-либо наметки действий против опричнины — вот что в лучшем случае было представлено царю в виде обширного и опаснейшего для него заговора. Царский поход в Ливонию был отменен, Грозный срочно вернулся в столицу. Там, в конце 1567 г . были произведены первые казни. Вакханалия расправ, чудовищных репрессий началась в 1568 г .

Обозначим основные вехи 1568 г . — опричные отряды перемещаются по многочисленным вотчинам И.П. Федорова, громя усадьбы, конфискуя его имущество, казня многочисленных близких к нему лиц, боевых и приказных холопов, крестьян. Итог «малой войны» — около 500 казненных самыми разнообразными способами. В ее финале престарелый боярин (опытнейший администратор и неподкупный судья), якобы покушавшийся на трон, получил от своего монарха последнюю «награду»: царь сам заколол его кинжалом.

Смерч репрессий пронесся над страной в 1569—1570 гг. Они начались летом 1569 г ., в дни пребывания Грозного в Вологде, но особенный размах получили с октября. Были убиты Старицкий со второй женой и детьми от этого брака, все его окружение, его мать-монахиня с ее боярынями и десятки лиц, прикосновенных к «заговору с целью отравления» Ивана IV. В декабре открылась уже не малая, вполне «нормальная» война царя против своих подданных: Грозный отправился с опричниками выводить измену из Новгорода. Уже по дороге, «на заказе» число жертв достигло многих сотен, но то, что творили опричники в Новгороде и окрестностях на протяжении пяти недель, с трудом поддается описанию. Людей самых разных сословий — от новгородских приказных, местных дворян, бояр новгородского архиепископа до крестьян близлежащих сел — вешали, топили в прорубях в Волхове, рубили топорами, секли саблями, расстреливали из пищалей, травили медведями, сжигали в домах. По минимальным подсчетам, жертв было около 3 тысяч, а скорее всего — в полтора-два раза больше. От этого погрома Новгород не оправился. Царь подозревал новгородцев в изменнических сношениях с Сигизмундом II.