Многое в организации и намерениях второго земского ополчения противоречило порядкам и целям первого. Вот почему был выбран кружной маршрут движения: вверх по Волге до Ярославля. Все города и уезды по дороге присоединялись к ополченцам. Упредив действия казаков первого ополчения, отряды второго появились в Ярославле ранней весной уже как общероссийская сила. Несколько месяцев пребывания в этом городе окончательно оформили устройство второго ополчения. Так возник еще один политический центр в стране. Здесь не было ничего принципиально нового. Высшая власть принадлежала Совету ополчения. Но мы точно знаем, что реальные выборы в него происходили. Что депутаты съезжались в Ярославль. Известно, какие сословия были представлены: белое духовенство, служилые дворяне, приборные люди, горожане и, важная новость, — черносошные и дворцовые крестьяне. Понятно почему: в общем деле надо было объединить главных тяглецов и воинов. Добавим, что посошные от крестьян и горожан играли во время Смуты все более заметную роль.

В Ярославле были восстановлены основные приказы: сюда из-под Москвы, из провинции стекались опытные приказные, умевшие поставить дело управления на добротную основу. Руководители ополчения всерьез занялись дипломатией. Несколько месяцев совместной работы доказали взаимодополнение руководителей ополчения: опытный и удачливый воевода, человек твердых убеждений, Пожарский возложил текущее управление на Минина, обеспечившего главный нерв — финансы и снабжение.

Угроза прорыва армии во главе с литовским гетманом К. Ходкевичем к польскому гарнизону в Москве вынудила предводителей ополчения ускорить поход к столице. В свою очередь это вызвало кризис внутри первого ополчения. Заруцкий во главе нескольких тысяч казаков, захватив по дороге из Коломны Марину с сыном, направился в Рязанский край. Оставшиеся станицы и дворянские отряды под предводительством Трубецкого сначала соблюдали нейтралитет. Лишь в критические моменты сражения с отрядом Ходкевича в конце августа они приняли участие в действиях против его сил. Акция последнего в главном не удалась. Гарнизон в Кремле остался без продовольствия, припасов и резервов. Его судьба была предрешена: 27 октября два полка польского гарнизона сдались, Москва была освобождена. Попытка Сигизмунда небольшими силами переломить ход событий оказалась запоздавшей: короля остановили под Волоколамском. Узнав о сдаче гарнизона, он повернул в Польшу.

Еще в сентябре началось постепенное слияние обоих ополчений. Вслед за взятием Москвы в ней сформировались объединенный Совет (с его санкции выдавались значимые жалованные грамоты) и приказы. Требовалась перестройка военной организации и прежде всего перерегистрация казачьих отрядов. Это вызвало недовольство с их стороны. В декабре основная часть дворян разъехалась по имениям, так что в столице численно преобладали казаки. Первые грамоты с призывом избирать депутатов на Земский собор были направлены по городам вскоре после очищения столицы. Сроки работы Собора переносились не один раз. Но в первой декаде января 1613 г ., до подъезда депутатов из ряда городов, заседания Собора открылись в Успенском соборе Кремля. Предварительно были определены нормы представительства от городов и групп населения. По сравнению с Советом второго ополчения особой новизны не было. Полагалось 10 человек от города при сохранении того перечня сословий, по которому призывали в Совет ополчения, включая черносошных крестьян. Традиционные и ведущие курии Собора — Освященный собор, Дума, дворовые московские чины (включая приказных), сохранили свою роль.

Понадобилось (и не раз) специальное решение о том, что кандидатуры иностранного происхождения не будут рассматриваться, равно как и кандидатура сына Марины. Всего на январских обсуждениях фигурировало около десятка имен, представлявших цвет российской титулованной аристократии.