В это время расширяли старые мануфактуры, например. Пушечный двор — построили «кузнечную мельницу», чтоб «железо ковать водою», каменные здания (вместо старых деревянных). В Москве же появились две казенные пороховые мельницы. Продолжали работать мастерские Оружейной, Золотой и Серебряной палат, швейные мануфактуры — Царская и Царицына мастерские палаты. Появились ткацкая мануфактура — Хамовный двор в Кадашевской слободе (Замоскворечье), шелковая — Бархатный двор (довольно быстро заглохла). Эти мануфактуры были казенными или дворцовыми. На них применялся принудительный труд. Связей с рынком они не имели.

Другая группа мануфактур — купеческие: канатные дворы в Вологде, Холмогорах (возникли в XVI в.), в Архангельске (в XVII в.). Это были сравнительно крупные предприятия, только на Вологодском работало около 400 русских наемных рабочих. Холмогорский двор давал столько канатов, что ими можно было оснастить четвертую часть кораблей английского флота, в то время одного из самых крупных в мире

Под Москвой появился Духанинский стекольный завод Е. Койета, выходца из Швеции. Его посуда шла во дворец и на продажу. Наиболее важные районы мануфактурного производства складываются на Урале, в Тульско-Каширском районе, Олонецком крае.

Уже в 20-е годы казна пыталась строить небольшие заводы по обработке металлов на Урале, в районе Томска. Но отсутствие дешевой рабочей силы помешало этому.

В следующем десятилетии, после открытия медных руд в районе Соликамска, построили Пыскорский медеплавильный завод, первый в России. В плавильне установили мехи, которые приводились в движение от мельничных водяных колес. Завод давал несколько сот пудов меди в год. В конце 40-х годов его закрыли — истощились запасы руды. В середине 60-х годов по той же причине прекратил работу медеплавильный завод в Казани. Первые медеплавильные заводы, построенные казной в Онежском крае, получили в эксплуатацию иностранцы. Однако вместо выплавки меди, которую наладить не удалось, они, используя опыт местных мастеров, организовали три вододействующих железоделательных завода.

Под Тулой три таких же завода построил в 1637 г . А.Д. Виниус, голландский купец. Он замыслил завести в России мануфактуры капиталистического типа. Но большие расходы вынудили его привлечь в компанию датчанина П. Марселиса и голландца Ф. Акему, которые вскоре захватили дело в свои руки и отстранили Виниуса. Они укрупнили и реконструировали тульские заводы, построили четыре новых в Каширском уезде. На тульских выплавляли чугун и железо, на каширских происходила их обработка, и изготавливаемая продукция шла на удовлетворение потребностей внутреннего рынка.

В 60-е годы на всех тульско-каширских заводах трудились 56 иноземцев и 63 русских мастера и подмастерья; все они, за единичным исключением, работали по найму. Подсобные же черные работы — добычу руды, заготовку угля, доставку их к заводам — выполняли крестьяне Соломенской дворцовой волости, которую попросту приписали к тульским предприятиям, т.е. принудительно заставляли крестьян работать на заводах в порядке исполнения повинности. К каширским заводам тоже приписали волость с крестьянами.

Таким образом, на этих заводах, а в конце столетия на металлургических заводах А. Бутенанта в Олонецком крае использовался труд как вольнонаемных, так и принудительный. Появление таких заводов — значительный шаг вперед в истории русской промышленности: и в плане увеличения производства (на заводах Тулы и Каширы выплавляли несколько десятков тысяч пудов чугуна и железа в год), и широкого разделения труда (изготовление, к примеру, карабина или мушкета проходило ряд производственных процессов у мастеров различных специальностей), и применения механизмов, использовавших силу падающей воды.

По примеру заводов Внниуса — Акемы стали заводить подобные предприятия русские бояре (И.Д. Милославский, Б.И. Морозов в Оболенском, Звенигородском, Нижегородском уездах), использовавшие труд крепостных.