Чувствуя свою силу, Иван III направил в Новгород грамоту, где называл новгородскую республику своей «прародительской отчиной».

Это вызвало взрыв возмущения в городе. И не только бояр — сторонников литовской партии, но и простых горожан — торговцев, ремесленников. В городе стали проходить бурные собрания — веча. Новгородцы говорили, что они не хотят быть холопами московского князя. Свободолюбивые, средневековые демократические порядки этого близкого к Европе северо-западного русского города столкнулись с неодолимыми процессами объединения всех русских земель, создания мощного централизованного государства.

Иван III решил конфликт вооруженным путем. Перед этим он, как опытный политик, придал готовящемуся походу общерусский характер, собрал представителей княжеских родов, бояр, дворян, купцов, чтобы заручиться поддержкой всей земли. Кроме того, карательная экспедиция носила и религиозный характер. Иван III объявил, что это будет поход против тех, кто склонялся к «латинству», к «еретичеству», потому что союз Новгорода с Литвой был соглашением с католической страной. К тому же православию, «истинной вере» угрожала опасность в связи с тем, что в 1453 г. Константинополь был завоеван турками. Над православием навис не только «бич» латинства, но и угроза мусульманства.

Иван III и его помощники вспомнили попытку папского Рима подчинить своему влиянию слабеющее греческое православие путем создания в 1439 г. унии между католической и православной церквами. Перед лицом наступления турок на Византию константинопольский патриарх пошел на такой союз. Это решение было принято в Италии на знаменитом церковном соборе, который проходил в городах Ферраре и Флоренции.

На этом соборе присутствовал и московский митрополит Исидор, который согласился поддержать унию. Однако когда он вернулся в Москву, был обвинен в измене православной вере, арестован и смещен с митрополичьего престола Василием II.

Для России борьба с католицизмом и униатством означала защиту от идеологической агрессии западных стран. Но одновременно это вело и к изоляции страны от европейской цивилизации.

Под знамением спасения «истинной веры» и вел свои полки на Новгород Иван III. Он мобилизовал против Новгорода все силы тогдашней Руси. На север шли полки из Твери, Пскова, Вятки. Впереди двигался авангард, а следом — вся русская армия с самим великим князем. Другой удар был нанесен по территориям Новгородского княжества вдоль Северной Двины.

14 июля 1471 г. на берегу реки Шелони произошло историческое сражение новгородской рати против авангарда русских сил. Небольшая, но хорошо организованная и укомплектованная русская рать, не ожидая подхода головных сил, разгромила численно превосходившее её новгородское войско. Свободы и вольности сослужили новгородцам плохую службу в военном деле. Их войско оказалось разобщенным, в нем была плохая дисциплина, отдельные отряды шли под командованием своих бояр. Полк архиепископа вообще отказался воевать против великокняжеского войска.

Итогом этого поражения стало стеснение новгородских свобод. Новгород признал себя «отчиной» Ивана III. В городе усилилась власть московского наместника и других официальных лиц, сношения с Литвой объявлялись незаконными, их назвали изменой. Новгородские посадники были казнены, среди них — Борецкий, активный сторонник сближения с Литвой; ряд бояр и других знатных лиц отправили в заточение в Коломну. Новгород уплатил Москве огромную контрибуцию.

После поражения на Шелони антимосковская партия в Новгороде не сложила оружия. Её возглавила вдова казненного посадника Марфа Борецкая. Все настойчивей прилагались усилия уйти под власть Литвы. Противников Москвы вели ненависть к Ивану III, личные эгоистические интересы.