Удельный князь Михаил Верейский сохранял преданность Василию II Темному на протяжении всей смуты. Но это не оградило его от произвола Ивана III. По договору 1482 г. удельный князь «уступил» самую ценную свою отчину Белоозеро «и грамоту свою на то ему дал». Наследник княжич Василий Верейский имел все основания негодовать на государя. Его бегство в Литву отвечало целям Ивана III, как и изгнание из страны Марии Палеолог.

Боярская дума не желала усиливать позиции Софьи и ее сына. Позже Софья выписала из Рима своего брата Андрея Палеолога. Как член византийской императорской семьи шурин Ивана III Андрей рассчитывал получить обширные владения на Руси. Но его надежды не оправдались. Не получив желаемого, Андрей Палеолог покинул Москву. Осколки византийской императорской фамилии были отторгнуты московской правящей элитой по причине сугубо династического характера.

После казней 1497 г. Софья и ее греческое окружение окончательно утратили доверие к верхам московского боярства. Взаимному непониманию немало способствовало то, что система политических взглядов Софьи и греков резко отличались от московской. Бояре и народ обвинили «грекиню» прежде всего в нарушении традиционного порядка престолонаследия в Московии. Согласно византийским нормам только Синод мог обнародовать имя преемника василевса. Фактически же Синод лишь облекал в форму закона волеизъявление императора.

Иван III был привязан к взрослому сыну Василию, а на подрастающего внука нередко негодовал. Но при назначении наследника он не мог отступить от московской традиции. Распри в великокняжеской семье грозили подорвать власть монарха. Благодаря грекам московский двор имел возможность основательнее познакомиться с византийскими порядками. В трудных ситуациях императоры нередко передавали отдельные провинции сыновьям — соправителям, что укрепляло положение царствующей династии. Ссылаясь на эту традицию, Софья стала домогаться, чтобы Иван III назначил удельного князя Василия своим соправителем и передал ему крупнейший после Москвы город Новгород со всей Новгородской землей и Псковом. Идея раздела государства на несколько удельных княжеств не встретила сочувствия при дворе законного наследника и в Боярской думе. Пережившие смуту бояре опасались, что удельный князь Василий, опираясь на Новгород, сгонит с трона малолетнего племянника Дмитрия. Дума, ведавшая внешними сношениями, четко выразила свое мнение по поводу всего происходящего. Литовский князь Александр, будучи зятем Ивана III, нередко получал дружеские советы из Москвы. Узнав, что Александр намерен отдать Киев одному из своих братьев во владение, московские власти резко высказались против раздела Литовского великого княжества, сославшись при этом на недавний опыт. «Слыхал яз, — писали бояре от имени Ивана III, — каково было настроение в Литве, коли было государей много. А и в нашей земле (на Руси. — Р. С.) каково было настроение при моем отце». Наказ, составленный в 1496 г., отражал официальную московскую доктрину.

Как следует из текста «Чина поставления и венчания Дмитрия Ивановича», государь произнес такую речь: «ныне благословляю при себе и опосле себя великим княжеством Владимирским и Московским и Новугородцким и Тверским» внука Дмитрия, которого мне «дал Бог в сына моего место». Намерение отнять титул новгородского князя у коронованного князя Дмитрия и передать его удельному князю было незаконным со всех точек зрения. Прямое противодействие этому решению оказали не только верхи — бояре, но и народ.

В начале 1499 г. Иван III направил послов к псковским посадникам с объявлением, что «де я, князь великий Иван, сына своего пожаловал великого князя Василия, дал емоу Новгород и Псков».