Вторая опричнина просуществовала год, после чего самодержец «свел» Симеона из Москвы на великое княжество Тверское. Учреждение удела не привело к массовой резне и погромам. Трагедия обернулась фарсом. Опасаясь остаться без преторианцев, самодержец сохранил реорганизованный «двор» до последних дней жизни.

Массовые конфискации поместий и перемещения помещиков из уезда в уезд при «удельном» правительстве дали дворянам–землевладельцам новые доказательства того, что казна не намерена поступиться своими правами в качестве реального собственника всего фонда государственных поместных земель. Организация поместной системы помогла преодолеть кризис боярского сословия в XV в. Но процесс дробления имений, породивший этот кризис, не прекратился в последующее время. Данные новгородских писцовых книг показывают, сколь быстро дробились и мельчали поместья в 1500–1540‑х гг. Кризис поместной системы был усугублен «великим разорением» 1570–1580‑х гг., вызванным крупными стихийными бедствиями, военным поражением и другими причинами. Разорение не только приостановило рост поместных земель, но и привело к резкому сокращению поместного фонда. Между тем естественный процесс увеличения численности дворянских семей оставался во второй половине XVI в. столь же интенсивным, как и в первой половине. Число мелких поместий в Новгороде, почти удвоившееся в первой половине столетия, должно было еще раз удвоиться во второй половине. Но этого не произошло. Массовое разорение измельчавших поместий привело к тому, что к началу 1580‑х гг. в Новгороде запустело более 40 % всего поместного фонда. Некоторые помещичьи семьи стали жертвами опричных казней и выселений. Но репрессии затронули прежде всего знатных помещиков, численность которых была сравнительно невелика. Многочисленное мелкопоместное дворянство Новгорода пострадало не столько от террора, сколько от экономических бед.

Превращение государственной (поместной) собственности в ведущую форму землевладения изменило систему налогообложения в стране. Казна реализовала право собственника земли через установление высоких платежей и повинностей. Чрезмерный рост податей стал одной из главных причин упадка деревни во второй половине XVI в. Судя по новгородским материалам, крестьяне в последней трети столетия резко сократили свои пашенные наделы, не имея средств для уплаты податей. В старину единицей обложения было одно крестьянское хозяйство (обжа). Теперь в обжу закладывали 2, 3, 5 и более крестьянских хозяйств. Собрать деньги с карликовых наделов было практически невозможно. Казна повышала поборы, а крестьяне сокращали запашку. В итоге и государство, и подданные несли огромные убытки.

Царь Иван был одним из первых правителей, стремившихся всемерно развивать торговые связи со странами Западной Европы через Белое и Балтийское моря. В ходе Ливонской войны 1558–1583 гг. Россия предприняла попытку завоевать земли Ливонского ордена в Прибалтике. Однако в конфликт были вовлечены Литва и Польша, Швеция и Дания. Польский король Стефан Баторий в ходе трех военных кампаний нанес поражение России. Оставшись без союзников, царь не смог вести одновременно войну с Речью Посполитой, Швецией и степными ордами.

Поражение в Ливонской войне и изгнание русских из Прибалтики положили начало крушению империи. Лишь на Востоке Россия добилась ряда успехов.

В середине XVI в. сибирский хан Едигер признал себя вассалом царя, завоевавшего Казань. Благодаря этому обстоятельству богатые купцы–солепромышленники Строгановы, не встречая сопротивления со стороны сибирского хана, утвердились в Приуралье, построив там укрепленные городки. Сибирь порвала вассальные отношения с Россией после того, как Едигер был изгнан из своей столицы ханом Кучумом, выходцем из Бухары.