Исполняя волю покойного государя, Ирина Годунова приняла пострижение и удалилась в Новодевичий монастырь.

Среди претендентов на трон современники называли Федора и Александра Никитичей Романовых, двоюродных братьев умершего царя. Несколько меньшими шансами обладал глава Боярской думы князь Федор Мстиславский, хотя в его жилах текла кровь литовских великих князей и он был праправнуком Ивана III.

Борьба за власть расколола Боярскую думу. Романовы считали свои позиции столь прочными, что выступили с открытыми нападками на правителя. Бояре прибегли к клевете, чтобы восстановить против Бориса столичное население. Кто–то пустил слух, что царь Федор был отравлен по его приказу. Опасаясь за свою жизнь, Годунов перестал ездить в Боярскую думу и укрылся сначала на своем подворье, а затем в стенах хорошо укрепленного Новодевичьего монастыря.

Бегство Годунова из Кремля явилось свидетельством неудачи. Многие ожидали немедленной отставки Бориса с поста правителя.

17 февраля истекло время траура по Федору, и Москва тотчас же приступила к выборам нового царя. Патриарх созвал на своем подворье соборное совещание, принявшее решение об избрании на трон Бориса. На совете присутствовали бояре Годуновы, их родня Сабуровы и Вельяминовы, некоторые младшие чины думы. Противники правителя на собор приглашены не были.

В то время как сторонники Годунова заседали на подворье патриарха, руководство думы созвало свое особое совещание в Большом Кремлевском дворце. Боярская дума была высшим государственным органом России, и только этот орган мог решить вопрос о престолонаследии. Но в думе царил раздор. Не только Мстиславский и Романов, но и другие великородные бояре метили на трон. Спорам не было конца. Наконец бояре пришли к компромиссному решению. Лучший оратор думы дьяк Щелкалов вышел на Красное крыльцо и от имени бояр предложил народу принести присягу на имя думы. Попытка ввести в стране боярское правление, однако, не встретила поддержки в народе.

Раскол в верхах привел к тому, что вопрос о престолонаследии был перенесен из думных и патриарших палат на площадь. Противоборствующие партии пускали в ход всевозможные средства — от агитации до подкупа, стараясь заручиться поддержкой столичного населения.

Собор оказался более расторопным. 20 февраля патриарху удалось организовать шествие в Новодевичий монастырь. Борис благосклонно выслушал речи соборных чинов, но на все их «моления» отвечал отказом. Выйдя к толпе, правитель со слезами на глазах клялся, что и не мыслил посягнуть на «превысочайший царский чин». Мотивы отказа Годунова от короны нетрудно понять. Как видно, его смущала малочисленность толпы. А кроме того, он хотел покончить с клеветой насчет цареубийства. Чтобы вернее достичь этой цели, Борис распустил слух о своем скором пострижении в монахи. Настроения в столице стали меняться, на этот раз в пользу правителя.

Патриарх и члены собора постарались использовать наметившийся успех. По распоряжению патриарха столичные церкви открыли двери перед прихожанами с вечера 20 февраля до утра следующего дня. Расчет оказался правильным. Ночное богослужение привлекло множество народа. Наутро духовенство вынесло из храмов самые почитаемые иконы и со всей «святостью» двинулось крестным ходом в Новодевичий.

Выйдя к народу, Годунов обернул шею тканым платком и дал понять всем, что скорее удавится, чем согласится принять корону. Жест произвел большое впечатление на толпу. С еще большим усердием люди кричали: «Сжалься, государь Борис Федорович, будь нам царем–государем!» Их крики огласили все Новодевичье поле. Притворно продолжая упорствовать, правитель покинул церковную паперть и скрылся в келье сестры. Тогда некий мальчик, подсаженный взрослыми, взобрался на стену между зубцами напротив домика царицы и принялся кричать: «Пусть царица разрешит брату быть царем!»

Расчетливо выждав момент, Борис вышел наконец из кельи и великодушно объявил о своем согласии принять корону.