Получив трон, Отрепьев распустил по домам отряды восставших, которые были приведены им в Москву из Путивля. После переворота Путивль стал центром нового восстания. Зачинщиками мятежа были воевода князь Г. Шаховской и М. Молчанов. Фаворит Лжедмитрия I М. Молчанов бежал из Москвы из–под стражи, укрылся во владениях Мнишеков в Самборе. Воспользовавшись поддержкой владелицы Самбора, авантюрист приступил к сбору войск на Украине. Одновременно он стал от имени Дмитрия рассылать грамоты по всей России с призывом выступить на борьбу с Шуйским. Успеху затеянной мистификации способствовало то, что Молчанов украл из кремлевского дворца государственную печать, которой и скреплял подложные грамоты.

Вождем мятежа в России стал казачий атаман Иван Болотников. Он побывал в турецком плену, был освобожден итальянцами и по пути из Италии на родину побывал в Самборе, где удостоился аудиенции у «Дмитрия». (Скорее всего, роль царя сыграл Молчанов.) В Самборе Болотников получил царскую грамоту о назначении главным воеводой в путивльском войске.

Мятежники двинулись на Москву, казня по пути сторонников Василия Шуйского. Они разгромили правительственную армию и пять недель осаждали столицу, после чего ушли в Калугу. Согласно концепции, утвердившейся в советской историографии, первая Крестьянская война достигла апогея в дни восстания Болотникова. Вождь восстания не только привел под Москву «сермяжную» (крестьянскую) рать, но и выдвинул антикрепостническую, антифеодальную программу (В. И. Корецкий). Указанная схема относится к области историографических мифов. «Классовая» схема не выдерживает столкновения с фактами. Разгромив Болотникова под Москвой, царь Василий в обращении к городам признал, что в мятеже участвовали дворяне из Рязани, Тулы и 11 других южных городов. Девять из мятежных городов находились в полосе наступления Болотникова. Дворяне из этих городов составили боевое ядро мятежного войска. Воевода «доброго» царя Дмитрия Болотников убивал приверженцев царя–узурпатора Василия Шуйского. Такого рода казни не были показателем того, что у мятежников была «антикрепостническая программа». Болотников тщетно посылал грамоты в Самбор с призывом к «Дмитрию» немедленно ехать в Россию. Воевода и жители Путивля, не дождавшись «царя» из Польши, призвали на помощь самозванца с Дона, принявшего имя «царевича Петра», мнимого сына царя Федора Ивановича. «Царевич» потребовал присяги от дворян, находившихся в путивльских тюрьмах. Но большинство пленников отказались признать «обманщика». Тогда казаки учинили кровавую расправу над дворянами. Наспех собрав войска, Петр выступил в Тулу, где к нему присоединился Болотников.

Между тем самозванческая интрига получила дальнейшее развитие: в Литве появился Лжедмитрий II. Ходило множество слухов о его происхождении. Но наиболее достоверные сведения о нем сообщают иностранцы, наблюдавшие в Литве за первыми шагами претендента или же расследовавшие дело по свежим следам. Польские иезуиты дознались, что под маской Лжедмитрия II скрывался некий Богданко, крещеный еврей. Романовы хорошо знали «вора», так как Филарет Романов служил при дворе самозванца патриархом. После избрания на трон Романовы подтвердили версию иезуитов.

Лжедмитрия II считают ставленником польских магнатов. Но это неверно. Инициаторами новой самозванческой интриги были Болотников и «царевич Петр». Их помощниками выступили белорусские шляхтичи, участвовавшие в походе Отрепьева на Москву. Они заприметили в Могилеве низкорослого бродягу, фигурой напоминавшего убитого в Москве самозванца. Им оказался бродячий учитель из Шклова. Когда шляхтичи попытались убедить учителя, что он — спасшийся царь, тот поспешил скрыться из Могилева. Его нашли и бросили в тюрьму. Лишь после этого учитель поневоле согласился взять имя «царевича Дмитрия».