При Павле I Д. П. Трощинский был президентом Главного почтового правления, а также сенатором. Ему были пожалованы богатые поместья, несколько российских орденов, включая Св. Александра Невского. Тем не менее вскоре он все же попал в немилость, и в октябре 1800 уволен со службы. После этого проживал в Москве, слушал лекции в университете, занимался литературой.

В ночь с 11 на 12 марта 1801 Дмитрия Прокофьевича Трощинского срочно вызвали во дворец, где он составил Манифест о восшествии на престол Александра I. Император вернул ему звание сенатора, руководителя почтового ведомства, а вскоре назначил и членом Непременного совета. В сентябре 1802 становится министром департамента уделов с оставлением в прежних должностях. Воспитанный в «старых идеях», Трощинский критически относился к реформам молодого императора, поэтому Александр I быстро охладел к нему. В июне 1806 Д. П. Трощинский оставил службу и поселился в своем имении Кибинцы. В 1812 дворяне избрали его своим предводителем. По их поручению в 1814 он встречал возвращающегося из-за границы монарха. Александр I вновь «заметил» стареющего вельможу. Последний получил должность министра юстиции и генерал-прокурора.

25 августа 1817 Д. П. Трощинский был уволен со службы с пенсионом в 10 тыс. рублей. До 1822 проживал в Петербурге, а затем уехал в свое полтавское имение.

Д. П. Трощинский скончался 26 февраля 1829; похоронен в селе Кибинцы Миргородского уезда Полтавской губернии.

Трощинский, несмотря на оказанное ему доверие, был противником всяких радикальных реформ. Он считал, что устоявшиеся годами порядки для России гораздо лучше новых и неизведанных. Особенно наглядно это проявилось при обсуждении в Государственном совете проекта Гражданского уложения, представленного комиссией составления законов. Трощинский подал в Государственный совет обширную записку, в которой критически рассмотрел общий состав гражданского уложения, существо конкретных, включенных в него норм, а также сделал свои «примечания» и «заключения». Он иронически называл этот проект лишь &laqu