У Тевтонского ордена была иная судьба. Он сформировался последним из военных орденов и вначале был аналогом ордена госпитальеров – имел больницу в Иерусалиме. Впоследствии в нем стала доминировать военная составляющая. После изгнания христиан из Отремера орден нашел новую цель в Европе – стал авангардом германской колонизации Пруссии. Территории, которые они захватывали в языческой Пруссии и на которых сразу строили церкви и замки, автоматически передавались папе. Он, в свою очередь, возвращал их ордену в качестве феода. Поскольку орден участвовал в христианизации язычников, их военные действия в Пруссии считались Крестовым походом. В конце концов тевтонские рыцари, позабыв о своей изначальной госпитальной функции (и даже о крестоносном рвении), стали чисто политико-военной организацией, управляющей обширнейшими поместьями на недавно завоеванных территориях. Они были первопроходцами немецкого движения Drang nach Osten, которое завершилось много веков спустя катастрофой для немцев в России. Сам орден фактически прекратил свое существование в 1410 году, когда был разбит при Таннен-берге польским королем Владиславом.

Годы 1291–1310, которые госпитальеры провели на Кипре, были отмечены в первую очередь утратой цели и, кроме этого, растущим пониманием того, что орден, если хочет выжить, должен изменить свой характер. После нескольких небольших кампаний, аналогичных набегу на Египет и Палестину, рыцари, судя по всему, осознали, что их будущее связано не с военным делом, а с военно-морским. Теперь они стали островитянами и могли продолжать вести войну с мусульманами только на море. В документах 1300 года упоминается небольшой флот, принадлежащий ордену. Титул Admiratus – адмирал – появился годом позже. Да, у рыцарей и раньше были корабли, но это были транспортные суда, которые использовались для перевозки войск и запасов в Палестину. Они их использовали и на Кипре для доставки людей и грузов из Европы в свою штаб-квартиру в Лимассоле. Но только в кипрский период мы слышим о наличии у ордена военных кораблей – галер и галеасов. Возможно, они предназначались для Крестового похода, который так и не начался. К этому Крестовому походу папа Клемент призывал в течение нескольких лет, но на его организацию не было средств, не было и желания участников. Крестоносный дух в Европе пришел в упадок. Именно в это время на Кипре прозорливый великий магистр Гийом де Вилл аре кардинально реорганизовал орден, укрепил дисциплину, обеспечил его дополнительной собственностью и привилегиями в Европе и гарантировал его дальнейшее существование.

Тем не менее, хотя рыцари ордена святого Иоанна имели владения на Кипре и постепенно восстановились после материальных и моральных потерь, ставших результатом их изгнания из Отремера, их положение оставалось неудовлетворительным. Латинский король Кипра Генрих, потомок бывших королей Иерусалима, был исполнен решимости не дать им получить больше владений на острове. Он знал, каким влиянием пользовались госпитальеры и тамплиеры в Палестине и как повлияли на упадок королевства, в частности своей взаимной враждебностью. Он не желал, чтобы они действовали таким же образом в его стране, и всячески старался дать понять орденам, что их терпят из милости. И король, и его бароны относились к рыцарям с большой подозрительностью. Описывая этот период истории ордена, Райли-Смит обобщает его достижения и характер на протяжении предшествующих веков: «Если историки преувеличили силу ордена, то они явно недооценили его настоящую историческую важность. Не только он был одним из самых важных институтов на латинском Востоке, но и его руководители были великими людьми во многих европейских государствах. Это была одна из первых свободных международных организаций – орденов церкви. Идеалы ордена, касающиеся ухода за больными и заботы о бедных, создали стандарт, которому следовали многие в период позднего Средневековья.