Воодушевленные разгромом тевтонов в Ледовом побоище, в 1242 г. против власти ордена восстали пруссы. Непосредственной причиной восстания послужила, однако, не победа князя Александра, а нарушение Тевтонским орденом договора, по которому представителям прусской родоплеменной знати предоставлялось право участвовать в управлении делами земель. Восставшие опустошили Хелминскую землю (Куль-мерланд), но большинство орденских замков устояло перед их натиском.

1 октября 1243 г. был подписан договор о взаимной защите и помощи между епископами Риги, Дерпта, острова Эзель и Тевтонским орденом.

В 1244 г. в битве при Газе в далекой Святой земле войско крестоносцев было разгромлено объединенной армией хорезмийских и египетских мусульман. После поражения Христовых воинов при Газе у Тевтонского ордена осталось в Святой земле всего три брата-рыцаря (397 тевтонов были убиты или попали в сарацинский плен).

В 1247 г. в Пруссию прибыло пополнение, состоявшее в основном из братьев других военно-монашеских орденов, и тевтоны перешли в наступление на прусских повстанцев.

23 ноября 1249 г. в битве при Крюкене пруссам удалось разгромить многочисленный отряд тевтонов. В схватке пало 54 орденских брата. Редко когда пруссам удавалось добиваться такого успеха в полевом сражении.

О ВЫСШЕМ РУКОВОДСТВЕ ТЕВТОНСКОГО ОРДЕНА 

Тевтонский орден имел строгий устав и четкую иерархическую структуру. Во главе ордена стоял Совет (Конвент) высших должностных лиц, называвшихся по-немецки (гросс) гебитигеры, в переводе на русский — (великие) повелители, и, в свою очередь, возглавлявшихся орденсгебитигером, избиравшимся пожизненно Генеральным Капитулом (административным советом) и носившим титул верховного магистра — «Супремус магистер» (supremus magister) или «Маги-стер генералис» (magister generalis) по-латыни и «гохмейстер» (Hochmeister) по-немецки (старонем. homeyster).

Данное обстоятельство следует особо подчеркнуть, поскольку глава Тевтонского ордена в русскоязычной литературе почему-то (вероятно, в подражание главам других военно-монашеских орденов — например, храмовников или госпитальеров) упорно именуется не «верховным», а «великим» магистром. Латинское слово «магистер» (нам более привычна русифицированная форма «магистр»), равно как и его немецкий эквивалент «мейстер» («майстер»), означает «мастер» в антично-средневековом значении этого слова («начальник», «учитель», «наставник» или, как тогда говорили, «ректор» — сравните наше современное «мэтр» в значении «авторитет», «величина в своей области»). Например, в немецком переводе Евангелия ученики Иисусовы именуют своего Божественного Учителя «Мейстер» (буквально «мастер», «магистр»).

Гохмейстер ордена, осуществлявший в соответствии со своим титулом верховную духовную и светскую власть и подчиненный непосредственно римскому папе, избирался пожизненно, хотя иногда рыцари его смещали (например, Гергарда фон Мальберга или Генриха фон Плауэна), а порой — даже убивали (как Вернера фон Орзельна). Гохмейстер Карл фон Трир (Каролус де Тревери), смещенный своим окружением в 1317 г., покинул свою мариенбургскую резиденцию, был в 1318 г. восстановлен в должности на орденском Конвенте в городе Эрфурте, но в Мариенбург больше не вернулся, продолжая управлять орденом Приснодевы Марии из своего родного немецкого города Трира.