Конечно, эта трехчастная система всемирной истории и ее отношение к Святой Троице гораздо сложнее, так как Иоахим принимает во внимание также и бинарные серии (например, важнейшие моменты христианской истории имеют прообразы в Ветхом Завете). Однако оригинальность его толкований неоспорима. Прежде всего, вопреки мнению блаженного Августина, аббат считает, что после многих бед в истории наступит период блаженства и свободы в духе. Следовательно, христианское совершенство ожидает нас в историческом будущем (идея, неприемлемая для любого ортодоксального богословия). По сути, речь идет об истории, а не об эсхатологии, чему доказательство — факт, что даже сам третий век познает периоды упадка, бедствий и разрухи, ибо единственное нерушимое совершенство откроется лишь после Страшного Суда.

Как и следовало ожидать, именно этот конкретно-исторический характер третьего века вызвал одновременно неприятие со стороны церкви, воодушевление монашествующих и народное рвение. Иоахим принадлежит к мощному реформаторскому движению в церкви, зародившемуся еще в XI в. Он ждал reformatio mundi, истинной реформы, понимавшейся им как новое вмешательство божества в историю, а не как возврат к прошлому. Он не отвергал традиционных установлений, таких, как папство, таинства, священство, но отводил им довольно скромную роль. Функция и власть пап, таким образом должны были существенно измениться. В будущей, управляемой Святым Духом церкви таинства больше не кажутся необходимыми. Что касается священников, то они не исчезнут, но управление церковью будет принадлежать монахам, viri spirituales. Это будет чисто духовное руководство, а не доминирование внешних церковных установлений.

Аббат считал, что во время третьего века дело Христа будет восполнено под водительством Святого Духа. Но возникает вопрос: не умаляет ли подобная концепция центральной роли Христа в истории нашего спасения? В любом случае, то, что Иоахим придавал первостепенное значение главенству духовного начала над институциями в будущей церкви, явно не устраивало клерикальные силы, возобладавшие в ХШ в. С этой точки зрения, концепция Иоахима представляла собой радикальную критику церкви того времени. Флорский аббат предрекал возникновение двух новых орденов, и орден, созданный Франциском Ассизским, быть может, как раз и отражает идеи Иоахима. Францисканцы действительно верили в то, что святой Франциск своей жизнью в бедности, уничижении, любви ко всякой живой твари реализовал некое новое «пришествие» Христа. В Париже в 1254 г, разразился большой скандал, когда францисканец Жерар де Борзо Сан Доминго опубликовал, под названием "Введение в Вечное Евангелие", три текста калабрийского аббата, снабженных переводом и комментариями. Он утверждал, что власть католической церкви близится к концу и вскоре (в 1280 г.) появится новая, духовная церковь — церковь Святого Духа. Богословы Парижского Университета не преминули воспользоваться этим и объявили нищенствующие ордена опасными и еретическими.