Богомилы не ели мясного, не пили вина, не признавали брака. Их община была сообществом равных. Адепты, без различия пола, взаимно исповедовались и отпускали друг другу грехи. Богомилы клеймили богачей и призывали народ к пассивному неповиновению властям. Успехи движения богомилов можно объяснить оскорбленным религиозным чувством верующих, связанным с церковной роскошью и разложением духовенства, а также ненавистью болгарских крестьян, нищих и бесправных, к землевладельцам — тем более, византийским ставленникам.

После завоевания Болгарии (1018 г.) Василием II многие знатные болгарские семьи переселились в Константинополь. Усвоенное частью местной знати и византийского монашества, богомильство выработало свою теологию. Но, скорее всего, именно богословские диспуты привели к расколу движения. Те, кто признавал Сатану всемогущим и вечным божеством, объединились в драговицкую церковь (по названию селения на границе Фракии с Македонией), а традиционные богомилы, для которых Сатана оставался падшим сыном Божьим, сохранили наименование «болгар». Несмотря на то, что «драговчане» исповедовали абсолютный дуализм, а «болгары» — ограниченный, секты проявляли взаимную терпимость. Это был период новой активизации движения. Богомильские общины в Малой Азии, Далмации и на всем пространстве империи множились, пополнялись адептами, которые теперь уже разделялись на пастырей и рядовых членов. Требования к молитвам и посту делались все более суровыми, ритуал усложнялся. "К концу XII в. народное религиозное движение окончательно превратилось в секту, со своей обрядностью и собственной теологией, дуалистичность которой все больше углубляла ее отличие от христианства".

Уже в начале XII в., избегая гонений, богомилы начали переселяться на север Балкан, а их проповедники направились в Далмацию, Францию, Италию. При этом в некоторых странах богомильство на время приобретало статус государственной религии, как, например, в Болгарии (первая половина ХШ в.) или в Боснии при бане Кулине (1180–1214 гг.). Однако в XIV в. секта теряет влияние, а после завоевания Болгарии и Боснии османами (1393 г.) большинство богомилов принимает ислам.

Теперь мы кратко проследим судьбу богомильства на Западе. Отметим, что в Юго-Восточной Европе некоторые представления богомилов нашли отражение в апокрифической литературе и фольклоре. В средние века многие восточноевропейские апокрифы ошибочно приписывались богомильскому пастырю Иеремии. К примеру, апокриф "Крестное Древо" трактует широко известную в средневековой Европе тему, восходящую к гностическому "Евангелию от Никодима", а сюжет апокрифа под названием "Как Христос сделался пастырем" был издавна знаком грекам. Однако богомилы привнесли в старинные тексты черты дуализма. Старославянский вариант апокрифа — "Сказание о Крестном Древе" — начинается следующими словами: "Когда Бог сотворил мир, существовали только Он и Сатанаиил…" Мы уже знаем (§ 251), что подобные космогонические представления не редкость, но в апокрифической литературе, распространенной среди славян и в Юго-Восточной Европе, особо подчеркивается роль дьявола. Следуя традиции некоторых гностических сект, богомилы акцентировали дуализм, преувеличивая значение дьявола в мироздании.

Так, в апокрифе "Адам и Ева" Адам заключает «договор» с Сатаной, сотворившим Землю, согласно которому люди предаются во власть последнему вплоть до воплощения Христа. Этот мотив находит отголоски в балканском фольклоре.

Методику переосмысления апокрифов богомилами можно проследить в тексте "Interrogatio Iohannis", единственном аутентичном богомильском сочинении, переведенном на латынь южнофранцузскими инквизиторами.