Осенью 1919 года Могилевского вернули в Москву заведующим следственной частью Московской чрезвычайной комиссии, затем повысили — утвердили заместителем начальника особого отдела МЧК.

В августе 1921 года, после ухода Давтяна, Соломон Могилевский стал руководителем иностранного отдела ВЧК. Видимо, учли, что до революции он некоторое время жил в эмиграции, следовательно, среди не слишком грамотных чекистов считался знатоком иностранной жизни.

В феврале 1922 года ВЧК преобразовали в Государственное политическое управление при Наркомате внутренних дел (ГПУ). В утвержденном политбюро, а затем и ВЦИК «Положении о Государственном политическом управлении» перечислялись задачи нового ведомства:

предупреждение и подавление открытых контрреволюционных выступлений;

борьба с вооруженными восстаниями;

раскрытие контрреволюционных организаций в народном хозяйстве;

охрана государственных тайн и борьба со шпионажем;

охрана железнодорожных и водных путей сообщения, борьба с хищениями грузов;

охрана государственных границ;

выполнение специальных заданий ВЦИК и Совнаркома по охране революционного порядка.

Разведка в этом исчерпывающем перечне задач ГПУ даже не упоминается. Это свидетельствует о том, что закордонная разведка в тот момент мало интересовала руководство страны. Иностранный отдел включили в состав секретно-оперативного управления ГПУ.

Разведкой Могилевский руководил недолго. В те годы шла кадровая чехарда, более или менее ценных работников перебрасывали с места на место. В марте 1922 года Могилевского назначили полномочным представителем ГПУ в только что созданной Закавказской Федерации, объединившей Грузию, Азербайджан и Армению. Одновременно он получил под командование внутренние и пограничные войска Закавказской Федерации. Заместителем ему дали Лаврентия Павловича Берию, молодого, но подававшего большие надежды чекиста.

За подавление восстания в Грузии, которое назвали меньшевистским, Могилевский получил орден Красного Знамени.

Соломон Могилевский погиб 22 марта 1925 года, когда во время перелета из Тифлиса в Сухуми загорелся и рухнул самолет «Юнкере-13». Погибли и летевшие с ним кандидат в члены ЦК секретарь Закавказского краевого комитета партии Александр Федорович Мясников (Мясникьян), заместитель наркома рабоче-крестьянской инспекции Георгий Александрович Атарбеков и оба летчика.

Некоторые историки полагают, что катастрофа не была случайной: Могилевский что-то узнал о своем заместителе Берии и хотел доложить об этом. Но не успел — Лаврентий Павлович его убрал. Впрочем, другие исследователи полагают, что Берия опасался не Могилевского, а замнаркома Георгия Атарбекова, который раньше служил в ЧК и считал Берию темной личностью.

Но эта версия не подкреплена никакими доказательствами. Во-первых, взорвать самолет вовсе не простое дело. Во-вторых, Лаврентий Павлович Берия, конечно, вполне был способен на любое преступление, но в тот момент ему, вообще говоря, нечего было опасаться. Незачем было и устранять пассажиров «Юнкерса-13».

Карьера Берии началась с того, что он по заданию товарищей проник в контрразведку независимого Азербайджана, где у власти находилась партия «Мусават» (в переводе на русский — «Равенство»), С осени 1919 года по март 1920 года молодой Лаврентий Берия официально служил агентом Организации по борьбе с контрреволюцией (контрразведка) при Комитете государственной обороны независимой Азербайджанской республики.

Лаврентий Павлович всегда утверждал, что выполнял поручение товарищей по партии. Их эта история смущала, устраивались проверки, опрашивали уцелевших подпольщиков. И именно в 1925 году ЦК компартии Азербайджана принял решение, которое полностью оправдывало Берию.

Лаврентий Павлович совершил много преступлений, но, что бы про него ни говорили, служил он только одной власти — советской…

В апреле 1922 года в составе ГПУ был образован еще и восточный отдел, который ведал национальными республиками в азиатской части страны и их связями с соседними государствами.