А между тем были в Москве два рода не княжеского происхождения, которые пользовались громадным влиянием при последних царях и по значению своему ничем не уступали знатнейшим Рюриковичам и Гедеминовичам. Это старые слуги князей московских: Романовы и Годуновы… В минуту смерти царя Федора было несколько Романовых, сыновей Никиты Юрьевича Романова. Из них самым выдающимся слыл Федор Никитич Романов. И он, и все его братья в это время были известны под именем Никитичей.

Род Годунова был не из первостепенных родов и выдвинулся не родовой честью, а случайно только в XVI веке, хотя и восходил к XIV веку. Предок Годуновых, татарин Мурза-Чет, приехал в XIV веке на службу к московскому князю. Пользуясь постоянным расположением Грозного – царя, Борис участвовал в его опричнине. Но и в Александровской слободе держал он себя с большим тактом; народная память никогда не связывала имени Бориса с «подвигами» опричнины.

Особенно близки стали Годуновы царской семье с того времени, как сестра Годунова, Ирина, вышла замуж за царевича Федора. Расположение Грозного к Годуновым все росло. В минуту смерти Ивана IV Борис был одним из влиятельнейших бояр, а в царствование Федора влияние на дела всецело перешло к Борису. Он не только был фаворитом, но стал и формальным правителем государства.

Это-то значение Годунова и обусловливало ненависть к нему бояр; несколько раз они пробовали с ним бороться, но были им побеждены. Влияние его поколебать было нельзя, и это было тем горше для боярства, что оно предугадывало события. Оно понимало, что бездетность Федора может открыть путь к престолу тому из бояр, кто будет сильнее своим положением и влиянием, а сила Годунова была беспримерна. Он располагал большим имуществом. Положение Бориса при дворе было так высоко, что иностранные посольства искали аудиенции у Бориса; слово его было законом. Федор царствовал, Борис управлял; это знали все и на Руси, и за границей. У этого-то придворного временщика и было более всех шансов по смерти Федора занять престол, а он отказался и ушел за сестрой жить в монастырь.

Видя, что Ирина постриглась и царствовать не хочет, бояре задумали сделать Боярскую думу временным правительством и выслали дьяка Щелкалова к народу на площадь с предложением присягнуть боярам. Но народ отвечал, что он «знает только царицу». На заявление об отказе и пострижении царицы из народа раздались голоса: «Да здравствует Борис Федорович». Тогда патриарх с народом отправился в Новодевичий монастырь и предложил Борису Годунову престол. Борис наотрез отказался, говоря, что прежде надо упокоить душу Федора.

Тогда решили подождать выбора царя до тех пор, пока пройдет сорок дней со смерти Федора и соберутся в Москву земские люди для царского избрания. Борис сам потребовал созвать по восьми или десяти человек выборных из каждого города, чтобы весь народ решил, кого надо избрать царем.

В феврале 1598 года съехались соборные люди и открылся собор, который 17 февраля избрал царем Бориса. Его предложил сам патриарх. Три дня служили молебны, чтобы Бог помог смягчить сердце Бориса Федоровича, и 20 февраля отправились опять просить его на царство, но он снова отказался; отказалась и Ирина благословить его. Тогда 21-го патриарх взял чудотворную икону Божией Матери и при огромном стечении народа отправился с крестным ходом в Новодевичий монастырь, причем было решено, что если Борис опять будет отказываться, то его отлучат от церкви, духовенство прекратит совершение литургий, а грех весь падет на душу упорствующего.