Усиление власти московских государей неизбежно должно было сказаться на их взаимоотношениях с церковью. Но московские митрополиты отстаивали традицию. Это вело к столкновениям между светской и духовной властями. Иван III заспорил с митрополитом по поводу крестного хода.

Среди иерархов, выступавших на стороне Ивана III, выделялся архимандрит Геннадий Гонзов. Митрополит подверг его наказанию, посадив в ледник. Но монарх вызволил сидельца из заточения, а некоторое время спустя назначил архиепископом Великого Новгорода.

Флорентийская уния имела приверженцев в России. В юности Софья Палеолог пользовалась покровительством папского престола. Ее воспитателем был грек Виссарион, рьяный поборник унии.

Но, прибыв в Москву, Софья очень скоро поняла, что в России сторонники унии не могут рассчитывать на успех. По этой причине царьградская царевна настойчиво искала опору среди епископов ортодоксального направления. Геннадий Гонзов стал одним из них.

На протяжении веков московские иерархи при всяком затруднении обращались к главе вселенской церкви — царьградскому патриарху. Заключение унии и падение Византии поставили их в трудное положение.

В 1489–1491 гг. на Русь был приглашен ученый медик из Любека Никола Булев. Булев должен был помочь московитам в составлении Пасхалий. Иван III оценил его познания и сделал своим придворным врачом. Правоверный католик Булев отстаивал идею церковной унии и выступал рьяным противником ереси. Находясь на службе у Геннадия, доктор перевел с латинского языка сочинение Самуила Евреина против иудейской веры.

При Софийском доме издавна существовали богатейшая на Руси библиотека и книжная мастерская со штатом книжников, переводчиков и писцов. Среди софийских книжников выделялись двое братьев — архидьякон Софийского собора Герасим Поповка и Дмитрий Герасимов. Будущий знаменитый дипломат Дмитрий Герасимов родился, по всей видимости, в Новгороде и получил образование в одной из школ Ливонии, благодаря чему овладел немецким и латинским языками. В ранней молодости он перевел на русский язык латинскую грамматику Доната, что показывало уровень его образованности. Герасимов начал карьеру как переписчик владычной мастерской, которую возглавлял его брат архидьякон Герасим Поповка. В 1499 г. в мастерской была перебелена так называемая Геннадиевская Библия — полный свод библейских книг в переводе на славянский язык. Никаких данных о том, что инициатором этого предприятия выступил Иван III или московский митрополит, нет. На первом листе Библии имеется запись о том, что рукопись изготовлена в Новгороде Великом на архиепископском дворе «повелением архидиакона инока Герасима Поповки» дьяками Василием Иерусалимским, Гридей Исповедницким и Клементом Архангельским. Библия была едва ли не самой значительной русской книгой XV в. и включала не только давно известные, но и впервые выполненные переводы библейских книг.

Видимо, именно греки внушили архиепископу Геннадию мысль о возможности сотрудничества с католиками. Начав работу над Библией, Геннадий пригласил на службу в Софийский дом Вениамина, доминиканского монаха из Хорватии. «Презвитер, паче же мних обители святого Доминика, именем Вениямин, родом словенин, а верою латынянин» был, по его собственным словам, знатоком латинского языка и «фряжска». Вениамину принадлежала ведущая роль в составлении новгородского библейского свода. Примечательно, что доминиканец целиком ориентировался на латинские рукописи, часть из которых он привез с собой. Следствием явился заметный сдвиг славянской Библии с греческого русла в латинское (И. Е. Евсеев). По наблюдению Г. Флоровского, составители библейского свода «ни к греческим рукописям, ни даже к греческим изданиям в Новгороде не обращались», но использовали Вульгату в латинском оригинале и чешском переводе.