Самые решительные защитники новгородских вольностей были казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре не смогли организовать оборону города. «Людям, — записал псковский летописец, — мятущимся в осаде города, иныа хотящи битися с великим князем, а инии за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотять за князя великого». Большое значение имело выступление архиепископа, настаивавшего на мирных переговорах с Москвой. 23 ноября 1477 г. новгородское посольство во главе с Феофилом явилось в походный шатер Ивана III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись, что им удастся заключить мир на тех же условиях, что и прежде. Государь дал пир в честь послов, но отклонил все их просьбы. Надежды на почетный мир разлетелись в прах. Тем временем воинские заставы Ивана III заняли предместья Новгорода.

Отбросив дипломатические ухищрения, Иван III объявил: «Мы, великий князь, хотим государьства своего, как есмы на Москве, так хотим быть на «отчине» своей Великом Новегороде». Вслед за тем бояре Патрикеев и братья Тучко-Морозовы продиктовали послам волю государя: «Вечю колоколу в «отчине» нашей в Новегороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Когда послы сообщили об этом на вече, в городе поднялось смятение и «многиа брани». «Всташа чернь на бояр и бояре на чернь». Народ утратил доверие к боярам и окончательно отказался повиноваться им: «Мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».

Оказавшись между молотом и наковальней, посадники пытались достичь соглашения с московскими боярами. Последние заверили послов, что Иван III не будет выселять новгородцев «на Низ», не будет «вступаться» (отбирать) в их земли. Заверения положили конец колебаниям правителей республиканского Новгорода. Стремясь получить гарантии неприкосновенности своего имущества, бояре просили, чтобы монарх лично подтвердил соглашение и принес клятву на крест. Но им грубо отказали.

Видя «неустроение» и «великий мятеж» в городе, князь В. Гребенка-Шуйский сложил крестное целование Новгороду и бил челом в службу Ивану III, Лишившись военного предводителя, новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей. Они согласились восстановить в Новгороде обширный княжеский домен и определили порядок сбора дани в пользу великого князя.

15 января 1478 г. Патрикеев с боярами въехал в Новгород и привел жителей к присяге. Вече в городе более не созывалось. Вечевой колокол и архив Новгорода были увезены в Москву. Выборные должности, вечевые порядки, древний суд упразднены. Новгородская республика пала.

Уже в феврале Иван III приказал арестовать Марфу Борецкую. Огромную вотчину Борецких, 1500 обеж (обжа — надел зажиточного крестьянина, пахавшего землю на одной лошади), отписали в казну, Василий-Казимир и трое других посадников были приняты на государеву службу, но в 1481 г. они оказались в опале и лишились всех своих вотчин.

Иван III по-прежнему боялся вмешательства Литвы. Он тотчас послал на литовскую границу воинскую заставу, как только получил донос на новгородцев. Главой заговора был назван боярин Иван Савелков, один из самых деятельных вождей литовской партии. По делу о тайных сношениях с Литвой было арестовано до 30 лиц, у них отобрано 12 000 обеж.

Иван III распорядился пограбить всех изменников и «много имениа взя бесчислено».