Однако придворных постарше все это не веселило. Вокруг его величества было слишком много шотландцев, они скверно говорили по-английски, слишком громко смеялись, скабрезно шутили, а король не находил в этом ничего предосудительного. Король Яков, без сомнения, был рад небольшой передышке перед началом важных дел, потому что через неделю, 14 января, лорды члены тайного совета и епископы получили предписание явиться к нему в Хэмптон-Корт, чтобы обсудить будущее церкви Англии и церкви Ирландии, а также молитвенник, в попытке примирить разные религиозные течения. Обсуждение продолжалось три дня, и перед его началом король произнес речь, которая, по отзывам, вызвала всеобщее восхищение; один из церковных иерархов, доктор Монтегю, потом писал, что «король вел диспут с епископами один на один, да так мудро, остроумно, с таким глубоким знанием предмета и с таким терпением, что, я думаю, никто из живущих на земле ничего подобного не слышал». Более чем вероятно, что сочинение Фрэнсиса «Умиротворение и укрепление англиканской церкви», посвященное его блистательнейшему величеству, было не просто прочтено королем, но и углубленно изучено. Однако всем угодить невозможно, и кончилась конференция тем, что король поддержал епископов Высокой англиканской церкви и не удовлетворил требования духовенства Низкой пуританской церкви, что ставило под угрозу примирение в ближайшем будущем.

Недовольство исходом конференции проявилось на заседаниях первого парламента, который был созван при новом правлении, король Яков открыл его 19 марта. Назрела необходимость обсудить много вопросов первостепенной важности, среди которых были расходы на содержание королевского двора, а также привилегии и прерогативы монарха. Те члены парламента, кто поддерживал взгляды Низкой церкви, то есть взгляды пуритан, особенно горячо выступали за реформы. Король почитал себя носителем высшей власти, дарованной ему Богом. Возможно, его предшественница Елизавета тоже была в этом убеждена, но более чем сорокалетний опыт отношений с английским парламентом научил ее, когда следует проявлять твердость, а когда уступать; и какие бы чувства лично она ни испытывала, она знала: монарх должен создавать видимость того, будто соглашается на требования верной своей королеве палаты общин. У короля Якова такого опыта не было, и он вследствие этого оказался в довольно трудном положении, невольно поддерживая палату лордов и не прислушиваясь к голосу здравого смысла, который советовал ему относиться к нижней палате с большим уважением.

Несколько комитетов палаты общин избрали Фрэнсиса своим представителем, поручив ему выступать от их имени, причем одним из самых важных вопросов этой сессии парламента было объединение Англии и Шотландии: как такой союз должен именоваться, следует ли отказаться от древнего названия «Англия» и отныне называть два объединившихся королевства «Великобританией». Последнее предложение было встречено в штыки и англичанами, и шотландцами, и Фрэнсису понадобился и весь его такт, и вся дипломатическая гибкость, чтобы не дать страстям разгореться. Споры продолжались весь апрель и май, доклады посылались из палаты общин в палату лордов и потом обратно из палаты лордов в палату общин. Наконец 2 июня был принят билль о создании комиссии для всестороннего рассмотрения вопроса о предполагаемом союзе, которая доложит о результатах своих изысканий в конце октября.