Эвакуационными перевозками были заняты и железные дороги Кавказа. С 28 октября началось перебазирование «Майкопнефти» и «Грознефти». К 9 ноября 1941 г. с Орджоникидзевской магистрали на Закавказскую железную дорогу поступило 16 208 вагонов с эвакогрузом, в том числе 10 758 вагонов с промышленным оборудованием и материалами. Почти все грузы направлялись на перевалку в Бакинский порт. Через кавказские магистрали эвакуировались и таганрогские заводы им. Андреева, авиационный им. Дмитрова и «Красный котельщик», Новочеркасский листопрокатный завод им. Буденного, Ростовский завод «Красный Аксай», Краматорский завод тяжелого машиностроения, Новочеркасский станкостроительный завод и другие крупные предприятия.

Как справедливо замечает Куманев, много усилий от транспортников потребовал вывоз хлеба и других продуктов питания из зоны военных действий и прифронтовых районов. К 1 августа 1941 г. по Калининской, Западной, Одесской, Ленинградской, Юго-Западной, Московско-Киевской, Южной и Белорусской дорогам удалось эвакуировать 32 731 вагон с хлебом. А между тем в связи со сбором нового урожая зерновых в западных и южных областях на местах погрузки начали скапливаться целые горы зерна, которые требовалось любой ценой спасти от немецко-фашистских захватчиков. По указанию НКПС вывоз хлеба стал проводиться только маршрутами или укрепленными группами вагонов. На станции массовой погрузки хлеба направлялись руководящие работники дорог. Несмотря на постоянную острую нехватку порожняка, только железнодорожники Сталинской магистрали с начала эвакуации по 1 октябри сумели вывезти 35 514 вагонов хлеба. По решению Совета по эвакуации от 5 августа 1941 г. по южным и юго-западным магистралям намечалось эвакуировать также 5385 вагонов сахара, но работники этих дорог обеспечили вывоз к началу сентября не менее 6,5 тыс. вагонов. Темпы массовых эвакуационных перевозок в осенние месяцы 1941 г., когда противнику удалось захватить около 40 % протяженности сети, были весьма напряженными.

Всё возраставшая угроза советской столице вызвала необходимость проведения эвакуации также Москвы и Московской области. Так, уже в первые недели войны развернулась подготовка к перебазированию из столицы на восток двух заводов наркомата судостроительной промышленности. Одновременно была начата довольно широкая эвакуация населения. Следует учесть, что с конца июня через Москву, как важнейший транспортный узел, стал проходить большой поток беженцев из западных районов СССР, На пути этого потока наркоматом внутренних дел были организованы заслоны железнодорожной милиции, которая на близко расположенных к столице станциях вела строгую проверку всех прибывавших лиц. Только в течение одной недели — с 28 июня по 4 июля 1941 г. — ею было задержано для проверки 49 730 человек, из них оказались арестованными по разным причинам — 2116 человек. Одновременно органы милиции изъяли 29 пулемётов, 1026 винтовок, 1260 пистолетов, 223 боевые гранаты, свыше 47,2 тыс. патронов и др. По данным Пассажирского управления НКПС, с 29 июня по 29 июля специальные эвакопоезда вывезли из Москвы 959 530 человек (включая беженцев из прифронтовых областей). Быстрое приближение линии фронта потребовало форсировать эвакуационные мероприятия. 26 июля 1941 г. Совет по эвакуации вынес решение об ускорении эвакуации гражданского населения столицы. Наркомату путей сообщения было предписано с 26 июля по 2 августа ежедневно эвакуировать не менее 64 тыс.