16 августа 1941 г. постановлением Государственного Комитета Обороны (ГКО) в Совет по эвакуации дополнительно ввели заместителя начальника Главного управления тыла Красной Армии генерал-майора М. В. Захарова. 26 сентября 1941 г. при Совете по эвакуации было создано Управление по эвакуации населения во главе с заместителем председателя СНК РСФСР К. Д. Памфиловым. Одновременно Памфилов пополнил состав Совета по эвакуации в качестве одного из заместителей председателя Совета. Вся работа по спасению людей, промышленного оборудования, ресурсов сельского хозяйства, материальных и культурных ценностей постоянно находилась в центре внимания ГКО, ЦК ВКП(б), СНК СССР и Совета по эвакуации. За практическое осуществление перебазирования производительных сил стали отвечать центральные комитеты партии и совнаркомы союзных республик, обкомы, райкомы и горкомы партии, исполкомы местных советов прифронтовых и многих областей страны, где были созданы специальные комиссии, комитеты, бюро или советы по эвакуации. К выполнению этой чрезвычайно важной военно-хозяйственной задачи были также привлечены Госплан СССР и наркомат обороны СССР. В этой ситуации полностью оправдала себя в интересах более четкого управления всей системой перебазирования организационная перестройка тыла Красной Армии, проведенная в августе 1941 г. Вывоз промышленного оборудования и других материальных ценностей в восточные районы страны стал одной из важнейших обязанностей начальников тыла фронтов и армий. Объединение в одних руках функций планирования, подвоза и снабжения позволило более гибко и оперативно решать многие вопросы, связанные с эвакоперевозками. При наркоматах и ведомствах были образованы бюро, комитеты, советы и комиссии по эвакуации с выделением уполномоченных для каждой группы предприятий. Контроль за вывозом населения, оборудования и других материальных ценностей осуществляла созданная при Совете по эвакуации группа инспекторов во главе с А. Н. Косыгиным. В постановлении ЦК ВКП(б) и Совнаркома СССР «О порядке вывоза и размещения людских контингентов» от 27 июня 1941 г. были определены главные задачи и первоочередные объекты эвакуации. Перемещению на восток в первую очередь подлежали квалифицированные кадры рабочих и служащих, старики, женщины и молодежь, промышленное оборудование, станки и машины, цветные металлы, горючее, хлеб и другие ценности, имеющие государственное значение. Вскоре это постановление было дополнено утвержденной Совнаркомом СССР специальной инструкцией о порядке демонтажа и отгрузки оборудования заводов и фабрик. В тот же день, 27 июня, были приняты и решения «О вывозе из Ленинграда ценностей и картин ленинградского Эрмитажа, Русского и других музеев» и «О вывозе из Москвы государственных запасов драгоценных металлов, драгоценных камней, алмазного фонда СССР и ценностей Оружейной палаты Кремля». Оба эти постановления, особенно второе, несомненно, свидетельствовали о большой тревоге, которая охватила на шестой день войны Сталина и высшее руководство страны в результате угрожающего развития боевых действий.

В гигантскую операцию по перебазированию производительных сил страны уже в течение первых недель войны были активно включены все виды советского транспорта. Но главная тяжесть при этом выпала на долю железных дорог. Совет по эвакуации поддерживал постоянную оперативную связь с НКПС через представителей наркомата путей сообщения в Совете. На крупные железнодорожные станции правительство направило уполномоченных Совета по эвакуации с широкими полномочиями. Только на девяти железных дорогах центра находилось до 30 уполномоченных Совета по эвакуации. Позднее было дано указание направить во все морские бассейны заместителей наркома морского флота и ответственных работников политуправления наркомата.