Всё изменилось при Иване IV Ужасном, уничтожившем большинство представителей титулованной знати, обладавших знаниями, опытом, мастерством. Боярская Дума бояр, ставших царскими холопами, действовала по воле государя, не имея самостоятельной компетенции. Чиновная иерархия стала основываться на том, что соотношение боярских родов должно было всегда оставаться в равновесии. Системой регулирования служебных отношений стало местничество – обычай считаться местами на службе и даже за столом. Место зависело от родословной и служебной карьеры служилого боярина и его предков. Местнические споры разбирали великий князь и Боярская Дума.

Первоначальное положение рода в Москве зависело от его положения в момент перехода на службу к великому князю. Первыми стали потомки великих и удельных князей, занявшие места выше нетитулованных княжеских бояр, хотя те и веками служили московским государям. Удельные бояре были еще ниже. Если кому-нибудь из бояр удавалось царской волей подняться выше, то это влекло за собой повышение его потомства и понижение тех, кого «пересели». Бояре, особенно с княжескими титулами, упорно сопротивлялись таким понижениям. Пробиться через этот спесиво-чванливый дворянский частокол «худородному» таланту было почти невозможно. Даже гедиминович и герой Куликовской битвы князь Дмитрий Боброк-Волынский и рюрикович и герой 1612 года князь Дмитрий Пожарский не смогли этого сделать. Местничество нанесло колоссальный ущерб управлению, экономике, культуре и идеологии государства. При Иване III Грозном Боярская Дума состояла из пятнадцати членов, при Алексее Михайловиче Романове – из ста пятидесяти. Эта боярская толпа спорила, грабила, воровала и набивала бездонные карманы. Эта боярская деятельность всегда сопровождалась небывало хамским и презрительным отношением вышестоящего к чувству собственного достоинства нижестоящего.

Боярские дворы располагались по всей Москве. Обычно это был квадратный участок земли, в котором были построены жилой дом, хозяйственные постройки, избы для слуг, погреба, бани, конюшни, сенники, амбары для хлеба. При боярском доме всегда находился небольшой сад с цветником и фруктовыми деревьями. Дома всегда строились в два этажа с мансардой и обычно копировали царский дворец, вечером и ночью освещаясь восковыми и сальными свечами. Боярин утром вставал, умывался, одевался, молился, отдавал распоряжение по хозяйству, вникая во все мелочи, включая обеденное меню. Потом он отправлялся во дворец, где в передней ожидал царского выхода. После службы в церкви бояре и царь говорили о делах. В полдень боярин возвращался домой и обедал, потом ложился спать. После обеденного сна боярин возвращался во дворец, где часто засиживался до позднего вечера. Он возвращался домой, говорил с домашними, ужинал. После вечерней молитвы боярский дом затихал и погружался в глубокий сон.

В праздники бояре ходили в гости или принимали гостей у себя. Пили за царя, за членов царского дома, бояр, хозяина, гостей. Многих слуги уносили домой почти без сознания. Женщины гуляли отдельно от мужчин, на своей половине. В домах образованного боярства гомерического пьянства не было. Гости беседовали, обменивались впечатлениями от поездок, в том числе за границу.

К середине XVII века состав Боярской Думы кардинально изменился. Многие древние знатные боярские роды пострадали в опричнину, ослабли экономически, вымерли и сошли с исторической сцены. С началом правления Романовых состав Боярской Думы активно пополнялся царскими родственниками, родственниками их родственников, представителями возводимого в боярский чин неродовитого дворянства, родственников цариц.