Очень скоро становится ясным для всех в Женеве, что враги евангельской веры и Кальвина — враги отечества, государственные изменники. Слишком очевидны были происки их, чтобы предать только что завоеванную свободу Республики бывшим насильникам, герцогу Савойскому и Женевскому епископу, Пьеру де ла Бом (Beaume). Тайные переговоры ведутся и с Берном, и уже войска его захватывают Женевские земли. Только в последнюю минуту народ опоминается и восстает на предательскую власть правителей. Жалкая гибель постигает тех самых четырех Синдиков, которые были главными виновниками изгнания Кальвина: один из них, осужденный на смерть, выскочив из окна, чтобы спастись, сломал себе шею; другой казнен на плахе, а двое остальных бежали и осуждены заглазно на смерть.

17 июня 1540 года женевские пастыри предлагают общему народному собранию «все восстановить так, как было за четыре года назад» (при Кальвине), потому что Женева в те дни была могущественна, всеми уважаема, и Церковь ее служила образцом для всех «Церквей». Но народ, чувствуя, что тогдашнее величие Республики создано было не им, а Кальвином, постановляет огромным большинством голосов на общем народном собрании 20 октября 1540 года: «Ради умножения и проповедания Слова Божия послать в Страсбург за мэтром Иоганном Кальвином, мужем ученейшим, дабы снова сделать его нашим проповедником».

Только что Кальвин узнает об этом, как пишет Фарелю: «При одной мысли о возвращении в Женеву я весь содрогаюсь от ужаса… Чем больше я думаю, тем яснее вижу, из какой бездны извлек меня Господь».

Две равносильные воли борются в Кальвине: одна — к созерцанию, к недвижности; другая — к движению, к действию, и он изнемогает в этой борьбе. Целых полтора года будет длиться его «удивительная нерешительность».

В первых же письмах в Женеву из Страсбурга, от октября 1538 года, он обращается к «последним верным остаткам разрушенной Женевской Церкви — возлюбленным братьям своим во Христе». «Нет, люди не могут расторгнуть нашего союза, потому что сам Бог соединил меня с вами». Это еще до приглашения вернуться в Женеву; но уже и после него: «Церкви Женевской я никогда не покину, потому что она мне дороже, чем жизнь». «Лучше я готов сто раз умереть, чем ее покинуть». Это одна воля, а вот и другая: «Все еще зияет перед моими глазами та бездна, в которую я должен был бы (там, в Женеве) упасть и из которой выйти не мог бы. Я и здесь (в Страсбурге) несу мой крест, но все же не падаю под ним, раздавленный». «Все еще нет для меня на земле места страшнее, чем Женева, не потому, чтобы я ненавидел ее, а потому, что знаю, что ничего для нее сделать не могу». Любит ее только издали, а вблизи ненавидит: «Я для них (женевцев) невыносим, и они — для меня». «Лучше сто смертей, чем этот крест, на котором я каждый день истекал бы кровью из тысяч ран!» «Снова в Женеву?.. Отчего бы не прямо на крест? Лучше сразу умереть, чем быть медленно замученным до смерти в этом застенке». А все-таки тайная сила влечет его на крест: «Чем больше я ужасаюсь этого бремени, тем больше подозреваю себя в какой-то вине».

Но Женева настаивает: «Так как весь народ наш горячо желает вашего возвращения… то мы сделаем все, чтобы вас удовольствовать». 21 сентября 1540 года Женевский Магистрат поручает одному из именитейших граждан Республики, месьеру Ами Перрэну (Ami Perrin), «изыскать средства для возвращения мэтра Кальвина». Берн, Базель и Цюрих присоединяют ходатайства свои к мольбам Женевы. В Страсбурге, Франкфурте, Вормсе — всюду преследуют Кальвина послы из Женевы.

«Камень, отвергнутый строителями, делается главою угла, — пишет ему женевский проповедник, Иаков Бернард.