«Промысел Божий привел его в Женеву, где тотчас же он был узнан и схвачен», — вспоминает Бэза, а по другим свидетельствам, Сервет пробыл в Женеве около месяца, выжидая, чем кончится спор Либертинцев с Кальвином, по делу отлучения от Церкви Бертелье, и надеясь, что, в случае падения Кальвина, он, Сервет, займет место его в Женеве. «Я прибыл в Женеву, чтобы продолжать путь дальше, на Цюрих, и скрывался, как только мог; в городе никто меня не знал, и я никого», — вспоминает сам Сервет.

Вынужденный по закону, как все чужеземцы, приезжавшие в город, объявить имя свое хозяину гостиницы, он назвал себя «Михаилом Вилланова, испанским врачом». Так как назначенные от Консистории сыщики, врываясь в дома, заставляли всех граждан и чужеземцев ходить в церковь на проповедь, то вынужден был к этому и он, а в церкви легко мог быть узнан одним из французских изгнанников. Вот почему, решив не оставаться лишнего часа в Женеве, он заказал себе лодку, чтобы рано поутру, на следующий день, 13 августа, переехать Женевское озеро и продолжать путь в Цюрих.

Утром уже увязывал последний тюк, когда послышался тихий стук в дверь и, не дожидаясь ответа, вошел старичок, в длинной, черной одежде, с бледным и добрым лицом, вынул из-под полы короткую, белую, с серебряным набалдашником, палочку, тихо прикоснулся ею к плечу его и что-то пробормотал себе под нос, точно молитву или заклинание, так быстро и невнятно, что, услышав только последние слова: «Во имя Женевской Республики…», Сервет понял, что лодка его не дождется.

«Кто вы такой? Чего вам нужно?» — спросил он и тотчас же, по грустной улыбке старичка, понял, что вопрос бесполезен. Ноги у него подкосились, но, вспомнив Бертелье, он немного ободрился и пошел как будто твердым шагом, куда повел его старичок. Идти было недалеко: тюрьма находилась в двух шагах от гостиницы.

«Если только он (Сервет) явится сюда в Женеву и власть моя здесь будет хотя что-нибудь значить, — я его отсюда живым не выпущу», — писал Кальвин Фарелю уже в 1546 году, за семь лет до сожжения Сервета. «Я надеюсь, что Сервет будет осужден на смерть», — писал он тому же Фарелю 26 августа 1553 года, за два месяца до сожжения Сервета.

Легким и простым казалось это дело Кальвину. Ближе сердцу его было дело Бертелье, потому что здесь, вместе с вопросом о власти Церкви над государством, решался и главный вопрос всей жизни Кальвина — о Царстве Божьем — Теократии. Дело Сервета казалось ему только религией, а дело Бертелье религией и политикой вместе.

Так думал Кальвин в начале Серветова дела, но скоро понял, что это не так. Слух дошел до него, что в тайные переговоры с узником вступили не только вожди Либертинцев, но и члены Малого Совета, Ами Перрен и Бертелье. Сам начальник тюрьмы оказался Либертинцем, таким усердным в передаче вестей, что вынуждены были заменить его другим. «Некоторые знатные люди начали оказывать ему (Сервету) милость и укреплять его в преступных замыслах», — вспоминает секретарь Совета.

22 августа Сервет обращается к судьям с ходатайством: «Я прошу, Монсеньеры, чтобы мой обвинитель (Кальвин) был наказан по закону равного возмездия, poena talionis, и заключен в тюрьму вместе со мной, пока не будет приговорен к смерти он или я» («Je démande que mon faux accusateur soit puni poena talionis et que soit détenu prisonnier comme moi jusqu'à ce que la cause soit définie par mort de lui ou de moi»).

После этого ходатайства Кальвин понял, что в деле Сервета не только для него, Кальвина, но и для дела всей жизни его — Царства Божия — решается вопрос: быть или не быть? Это мог бы он понять и по таким обвинениям Сервета, как это: «Кто поверит, что такой палач и убийца, как ты, — служитель Церкви Божьей?.