В ноябре 1805 года Карамзин завершил работу над вторым томом, охватывающим время от Рюрика до Владимира Святого и введения христианства (впоследствии оба этих первоначальных тома были объединены в один — первый).

Сообщая М. Н. Муравьеву в марте 1806 года об окончании первоначального второго тома, Карамзин рассказывает о планах будущей работы: «Я кончил второй том, поместив в нем историю времен язычества, от первых князей варяжских до смерти Владимира, и заключив его обозрением гражданского и нравственного состояния древней России. По сю пору все идет изрядно; увидим, что будет далее. Каждая эпоха имеет свои затруднения. Надеюсь в III томе дойти до Батыя, а в IV до первого Ивана Васильевича; там остается еще написать тома два до Романовых».

Весь 1806 год Карамзин писал третий том, 1807-й — четвертый. «Работа моя, — сообщает он брату осенью 1806 года, — подвигается вперед, хотя и медленно. Ежели буду жив и здоров с моим семейством, то надеюсь зимою дойти до татарского ига. Жаль, что я не моложе десятью годами! Едва ли Бог мне даст довершить мой труд: так много еще впереди».

Осенью 1807 года умер М. Н. Муравьев. Для Карамзина это была тяжелая потеря. В последнее десятилетие Муравьев был, пожалуй, одним из самых близких ему людей. Несколько лет спустя Карамзин подготовил и издал двухтомник его сочинений.

В мае 1808 года Карамзин пишет письмо H. Н. Новосильцеву — президенту Академии наук, попечителю Санкт-Петербургского учебного округа, в то время занявшему должность статс-секретаря императора, руководившему его личной канцелярией и делами, подведомственными «непосредственному самого государя усмотрению и разрешению». Фактически это письмо было отчетом Александру.

«Имев несчастие лишиться в Михаиле Никитиче Муравьеве единственного своего покровителя при дворе Его Императорского Величества, прибегаю к Вашему Превосходительству, желая, чтобы Вы как муж просвещенный взяли ободрительное для меня участие в труде моем, посвященном отечеству, и могли при удобном случае сказать государю Императору, что я ревностно исполняю всемилостивейше возложенную на меня должность Историографа. В том единственно состоит моя покорнейшая просьба.

Теперь позвольте мне прибавить несколько слов о расположении и самых успехах сего титула.

Уже более четырех лет непрестанно занимаюсь сочинением Российской истории и всеми нужными для того разысканиями с тем неусыпным усердием, без коего работа, почти необъятная, не может быть успешна. Прилежное чтение и соображение древних историков и географов, от Геродота до Аммиана Марцеллина, доставило мне способ представить ясно все те сведения, какие греки и римляне имели о странах и народах, составляющих ныне Российскую державу. Готфский историк VI века Иорнанд, византийские и другие летописцы средних времен служили для меня источником в описании любопытных древностей славянских. Сии две части труда моего составили I том, или Вступление. Во II томе, изобразив древнее состояние России по сказаниям нашего летописца, бессмертного Нестора, начинаю „Историю государства Российского“, описывая не только войны, но и все гражданские учреждения, законодательство (часто весьма мудрое) наших предков, нравы, обыкновения, кои образуют характер народов на целые веки. Главный предмет мой есть строгая историческая истина, основательность, ясность, однако ж, стараюсь также писать слогом не слабым, а по возможности приятным. К счастию, найдены мною в Московской патриаршей и в монастырских библиотеках некоторые важные исторические рукописи XIII и XIV века, доныне совершенно неизвестные.