Архиепископ Платон дал отзыв, не удовлетворивший Екатерину: собственно литературные издания он похвалил, ибо они содействуют образованию, о масонских мистических изданиях сказал, что не понимает их, а посему и судить о них не может, о Новикове же написал: «Как пред престолом Божьим, так и пред престолом твоим, всемилостивейшая Государыня императрица, я одолжаюсь по совести и сану моему донести тебе, что молю всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве, Богом и тобою, всемилостивейшая Государыня, мне вверенной, но и во всем мире были христиане таковые, как Новиков».

Тогда Екатерина поручила вести дело не духовной, а светской власти. Она предписывает губернатору вызвать «содержателя типографии в Москве Николая Новикова» и «изъяснить ему, что учреждение типографии обыкновенно предполагается для издания книг, обществу прямо полезных и нужных, а отнюдь не для того, чтобы способствовать изданию сочинений, наполненных новым расколом», книжные лавки его запечатать и запретить продажу масонских книг, выяснив, кто их сочинял, переводил и цензуровал. При этом расследовании впервые в орбиту внимания Екатерины II попало имя Карамзина: на вопрос о книге Штурма Новиков отвечал, что она «переведена была на российский язык господином Карамзиным и печатается на коште переводчика оной». На книги издания Новикова, признанные вредными, был наложен арест. Екатерина направила московскому генерал-губернатору указ, которым запрещала продление договора с Новиковым об аренде университетской типографии.

Московские масоны, понимая, что императрица преследует именно масонство, наложили временный запрет на всю масонскую деятельность, на заседания лож, переписку. Однако Новиков, прекратив заседания лож, продолжал благотворительную деятельность.

1786 год выдался неурожайным. К зиме в центральных губерниях России, в том числе и в Московской, начался голод. «Толпы нищих наполняют перекрестки, жалобным своим воплем останавливают проезжающие кареты, содрогшие младенцы, среди холода и вьюги единое чувство глада имея, безвинные руки протягивают, исчисляют число времени их пощения и милостыни просят, которой еще и не получают довольно» — такую картину рисует современник.

Н. И. Новиков еще в начале зимы, когда староста его подмосковного имения Авдотьина прислал письмо, что крестьяне претерпевают великий недостаток в хлебе, поехал туда. Он впервые в жизни видел картину голода, и она произвела на него ужасающее впечатление. В деревне обнаружилось, что у крестьян нет ни хлеба, ни корма для скота. Он роздал хлеб из господских запасов своим крестьянам и приходившим из соседних деревень, на все имевшиеся у него деньги купил ржи, велев половину оставить на семена, а половину помалу раздавать нуждающимся. С тяжелой душой возвращался Новиков в Москву.

Ожидали, что последует правительственная помощь голодающим, но правительство молчало. В Петербурге все были заняты путешествием императрицы в Малороссию и Крым. Императрица проезжала теми же голодными губерниями, но веселые путешественники не видели тех картин, которые видел Новиков и описал Щербатов: на всем пути пела и плясала благоденствующая под правлением великой императрицы Россия. Послы были в восторге и изумлении. Будущий губернатор Новороссии граф Ланжерон, участник путешествия, описав все это, рассказал и об истинной цене происходивших чудес: «Надо сознаться, что они созданы благодаря тирании и грозе и повлекли за собой разорение нескольких областей. Из населенных губерний Малороссии (Ланжерон описывает заключительный этап путешествия, но так же было и на всем пути. — В. М.) и тех местностей, где императрица не должна была проезжать, выгнали все население, чтобы заполнить эти пустыни: тысячи селений опустели на некоторое время, и все их жители со своими стадами перекочевали на различные назначенные пункты. Их заставили выстроить на скорую руку искусственные деревни по более близким берегам Днепра и фасады деревень в более отдаленных пунктах.