Чем сильнее был правящий император, тем строже осуществлялось подчинение Святого престола его власти. Но и крушение империи Каролингов больно ударило по самостоятельности пап. Им грозило превратиться в игрушку партикулярных сил. Действительно, меньше чем за сто лет (с 882 по 963 г.) на папском престоле сменилось 24 понтифика, в историографии католической церкви называемых «плохими папами».

Возрождением папство обязано германским королям из саксонской династии Оттону I (936–973), Оттону II (972–983), Оттону III (996—1002). Однако эти короли, безусловно, глубоко верующие, все же не были бескорыстны. Они стремились создать в лице пап инструмент своего влияния в Италии и при первом же признаке неповиновения понтификов заменяли их своими ставленниками. Престиж власти пап падал, их поступки судились и нередко осуждались, вещаемые ими истины подвергались сомнению; появлялись признаки инакомыслия. Возникавшие еще во время становления христианской церкви отклонения от церковных догматов, то есть ереси, не были новинкой в церковной истории; но с XI в. они особенно усилились.

У занятых своими распрями епископов большая часть энергии уходила на фракционную борьбу, противостояние светским властям, распри внутри партий. Но они не забывали о пастырском долге и заботились о чистоте веры. Малейшие колебания относительно признания истинности католических догм рассматривались как преступление.

За философией средневековый католицизм не признавал право на самостоятельное существование, требовал, чтобы она служила богословию, и в то же время не допускал ни малейшей свободы толкования. Движение философской мысли не прекращалось, потому что она сделалась непреодолимой потребностью времени, но ее представители страдали от отсутствия всякой свободы и сплошь и рядом впадали в ересь.

Ереси были известны еще с первых веков христианства, и борьба с еретиками началась с того же времени. Иреней, епископ Лионский, живший около 180 г., внес большой вклад в придание юной христианской религии стабильной формы. Его объемистое опровержение фальшивой теологии «Libros Adversus Haereses» («Книга против ересей») с жаром осуждало и обвиняло все отклонения от ортодоксии и издавна известные еретические течения. Их различию, их преступлениям и их заблуждениям он противопоставлял истинность и превосходство христианской церкви, единственной «достойной преданности» и способной даровать спасение, вне которой существуют только еретики, заслуживающие самой жестокой кары.

Одной из злейших форм отклонения, облаченных в христианскую доктрину, была в глазах Иренея теория гностиков. Гностики основывались на личном опыте и на личной связи с Богом; их вера сводила к минимуму роль священников и епископов. Епископ Лионский стремился разрушить гностицизм, отвергая личное общение с Богом в пользу коллективной веры. Так родились теологическая система и совокупность основных принципов, не оставлявшая места личной инициативе. Ей Иреней противопоставлял «католическую», то есть универсальную, церковь, основанную, с одной стороны, на апостольских преданиях, а с другой — на Писании.

Тем не менее ереси не исчезли. Как раз напротив, они продолжали быстро распространяться и после II в., несмотря на все усилия, принимаемые для упрочения юной ортодоксии Иренеем в богословской области и императором Константином в области политической. Но благодаря Иренею христианство стало прочной доктриной с четкой структурой — условие, необходимое для того, чтобы оно выжило и имело успех.