И Ли Сы твердо решил осуществить сказанное. Был издан декрет, согласно которому, за исключением исторических записок самого царства Цинь, текстов, хранящихся в Академии знаний, а также работ по медицине, гаданию, сельскому хозяйству и лесоводству, все остальные труды различных философских школ и все классические книги подлежали сдаче губернаторам областей для сожжения. Люди, обсуждающие «Шицзин» («Книгу песен и гимнов») или «Шуцзин» («Книгу истории»), подлежат казни, а их тела будут выставлены для всеобщего обозрения; не только те, кто «используют прошлое для критики настоящего», но и их родственники будут преданы смерти; чиновники, не донесшие о нарушении любого из этих постановлений, будут считаться виновными в той же мере, что и нарушители; и каждый, кто не сожжет запрещенные книги в тридцатидневный срок, будет заклеймен и отправлен на принудительные работы.

Ущерб знаниям, нанесенный этим «сожжением книг», хотя его наихудших последствий в целом удалось избежать, вызвал у китайских ученых последующих поколений глубокое отвращение к империи Цинь. Посмертную репутацию императора не улучшило и поведение, которое он демонстрировал после того, как попал под влияние магов, особенно одного из них, по имени Учитель Лу. Идеи «Ста школ», несомненно, оказывали свое воздействие на императора, несмотря на то что его правительство строго придерживалось легистских принципов. Так, например, прославляющие его достижения каменные стелы, которые он распорядился установить в важных местах в ходе своих путешествий по стране, часто содержали конфуцианские выражения — к примеру, «его глубокая мудрость человечна и добродетельна». С самого начала правления он уделял более чем поверхностное внимание теории «пяти стихий», довольствовался тем, что верил, будто их последовательность наделила его династию энергией воды, которой соответствовали черный цвет и число 6. Поэтому одежда Ши-хуанди, вымпелы и флаги были черного цвета, в то время как шляпы и колесницы чиновников измерялись группами по шесть, а в собственную колесницу императора были запряжены шесть лошадей. Но наиболее привлекательным философским учением для него являлся даосизм, чей словарь он также использовал в упоминавшихся выше надписях на стелах. Например, в одной из них сказано: «Он олицетворяет Дао и практикует его силу». Однако императора притягивала не столько философия даосизма, сколько его смесь с шаманизмом и колдовством, сосредоточенная на поисках эликсира бессмертия. Сформировался культ, распространившийся в основном вдоль восточного побережья, — культ, чьи последователи верили, что, если найти или создать такой эликсир, принявший его человек сможет жить вечно на трех священных горах посреди моря.

В ходе своей первой поездки на восток император познакомился с этими магами. Один из них обратился к нему с просьбой дать разрешение на морскую экспедицию с целью исследования священных гор-островов, где, как считалось, обитали бессмертные. Император согласился и отправил несколько сотен юношей и девушек вместе с экспедицией, которую больше никто не видел. Во время своего следующего путешествия на восток Ши-хуанди отправил четырех магов, в том числе Учителя Лу, на поиски эликсира. После возвращения императора в столицу Учитель Л у доложил о том, что поиски эликсира безуспешны, однако ему все-таки удалось обнаружить магический текст, который предсказывает гибель империи Цинь в результате вторжения варваров хунну. Услышав это, император отправил своего полководца Мэн Тяня с огромной армией к северным границам с приказом атаковать хунну. Учитель Лу напомнил о себе снова через несколько лет, когда посоветовал императору держаться подальше от других людей, чтобы таким образом облегчить поиски эликсира. После этого император приказал обнести двести семьдесят дворцов, окружающих столицу, стенами и дорогами под навесом, чтобы никто не мог видеть его в момент переезда из дворца во дворец.