Административные уезды эпохи Цинь были заменены на супрефектуры, но в западной части страны сохранилась система объединения уездов в области, управляемые центральным правительством. Теперь областью управлял не триумвират, а губернатор, а во главе супрефектур стояли префекты. Губернаторы управляли вверенной им территорией, следили за состоянием сельского хозяйства, выносили судебные решения, собирали налоги, в том числе в центральную казну, исполняли необходимые религиозные церемонии, как того требовала государственная религия, формировали войска и возглавляли командование, а также руководили школами, находившимися на содержании самых крупных городов. Супрефектуры были поделены на районы примерно по пять тысяч семей в каждом; они были обязаны содержать почтовые станции и полицейские посты вдоль главных дорог империи. Районы, в свою очередь, состояли из деревень, или общин, численностью от пятидесяти до ста семей. Представитель местных землевладельцев отвечал за сбор подушного и земельного налога в общине, за набор в армию, перепись населения, распределение земельных наделов, регистрацию всех сделок и общественный порядок. Старейшина следил за нравственностью и обращал внимание начальства на благочестивых сыновей, добродетельных жен и щедрых граждан. Еще один представитель знати исполнял обязанности почтмейстера, отвечая за состояние и безопасность своего участка дороги и обеспечивая беспрепятственную доставку почты и пассажиров; кроме того, в его обязанности входило заботиться о конюшнях, лошадях для повозок и постоялых дворах для путников. Со временем в правительстве была сформирована специальная инспекция из двенадцати человек, каждый из которых в восьмом месяце года должен был посетить группу областей империи, чтобы проверить бюджет, работу местной администрации и судов, и в первый день нового года отчет о проверке представлялся в столицу. Жалованье всем чиновникам, начиная с «трех владык», частично выдавалось зерном, а частично деньгами.

В восточной части страны картина была несколько иной — даже несмотря на формальное существование областей. В некоторых бывших провинциях во время гражданской войны губернаторы, а также остатки старой аристократии объявили о создании княжеств. Эти правители — сначала их насчитывалось десять — формально признавали Гао-цзу в качестве сюзерена: они должны были перечислять в имперскую казну часть налогов, собираемых на их территории, и ежегодно приносить присягу верности императору. Чтобы исключить опасность возврата к эпохе Борющихся Царств, когда княжества воевали друг с другом, центральное правительство распорядилось переселить в окрестности столицы около 100 тысяч членов влиятельных семей, а также предпринимало различные меры по контролю над царствами. Так, например, при первой же возможности — будь то смерть либо другие обстоятельства, например мятеж, — правителем становился один из родственников императора. В каждом из княжеств был полноценный государственный аппарат, но глава его назначался центральным правительством. Более того, из двух аристократических рангов, «князей» и «маркизов» (стоящих над восемнадцатью сословиями, установленными в эпоху Шан), возвышенные императором за заслуги «маркизы» получали во владение часть земель княжеств. Со временем княжества все больше и больше дробились или переходили в прямое подчинение центральной власти, превращаясь в области империи.

Гражданская война, а затем процесс объединения ослабили страну и сделали ее уязвимой перед никогда не исчезавшей угрозой агрессии со стоны северных варваров. Племена гуннов, которых китайцы называли сюнну и которые кочевали в соседних с мелкими княжествами землях, объединились в мощный племенной союз. Орды всадников, отлично стрелявших из лука на полном скаку, совершали жестокие набеги на приграничные районы. В 200 году до н. э. предводитель сюнну, имевший в своем распоряжении отборную кавалерию численностью 400 тысяч воинов, сумел заманить в ловушку Гао-цзу и отрезать его 300-тысячную армию, лишив провианта и резервов; выбраться из западни императору удалось лишь через семь дней.