Именно в этот период стали проростать семена недовольства, посеянные реформами Ван Мана. Семьи землевладельцев из южных районов современной провинции Хэнань, среди которых выделялся род Лю, основавший династию Ранняя Хань, объединились с бандами крестьян, шедших с нижнего течения Янцзы, и подняли мятеж против Ван Мана, чья армия в 23 году дважды терпела поражение.

Многочисленные вожди повстанцев договорились избрать нового императора. Они остановили свой выбор на одном из отпрысков царского рода Лю, потомке Цзин-ди в шестом поколении. Под именем Гэн-ши — Император Нового Начала — он стал первым правителем династии Поздняя Хань, но, как показали дальнейшие события, отнюдь не основателем этой династии. Его правление было кратким, и этот признак недовольства Неба заставил историков пренебрежительно отзываться о Гэн-ши как о безмозглом пьянице, каковым он, конечно, не был. Мятежные аристократы и крестьянские вожди объединились вокруг него, в результате чего сформировалась новая армия Хань и началась настоящая гражданская война.

Ван Ман спешно собрал огромное войско, которое выступило из Лояна, древней столицы страны, но после первых успехов было наголову разбито; это случилось в июле 23 года. Армия потомков ханьских императоров наступала на Чаньань. Ее поддержали другие вожди повстанцев, которые вели своих сторонников к столице в расчете на богатую добычу. Они прорвались через ворота в крепостной стене и вместе с горожанами окружили главный дворец. Ожесточенное сражение — в ходе боев загорелся императорский гарем и другие здания — длилось целый день. На рассвете следующего дня обессиленного, находящегося в полубессознательном состоянии императора верные слуги перенесли на Террасу, Омываемую Водой, где к вечеру все они погибли в бою; Ван Ману отрубили голову.

Все высшие сановники Ван Мана были убиты — погибли в битве или покончили жизнь самоубийством. Император Гэн-ши захватил город Лоян и сделал его своей столицей; теперь под его контролем находилась половина страны, охваченной массовыми волнениями; миллионы крестьян мигрировали с затопленного севера, особенно с Великой равнины, в южные районы.

Гэн-ши совершил три значимых ошибки. Во-первых, он отправил Лю Сю, старшего отпрыска царского рода Лю, восстанавливать порядок в северной части Великой равнины и позволил ему действовать самостоятельно. Во-вторых, он враждебно принял послов «краснобровых», армия которых двинулась на запад, разбив лагерь в окрестностях Лояна. И, наконец, Гэн-ши вернул столицу в Чаньань, уязвимость которой доказала трагическая судьба Ван Мана.

Примерно через год Лю Сю, осознав недальновидность действий императора, изменил ему и собрал армию, которая начала наступление с востока. «Краснобровые» осадили Чаньань. Когда они ворвались в город, император Гэн-ши вскочил на лошадь и пытался бежать, но был схвачен. Отречение не спасло — его отправили пасти лошадей в открытой степи, а впоследствии задушили. «Краснобровые» грабили город и терроризировали жителей.

Лю Сю, к тому времени контролировавший значительную часть страны, объявил себя Сыном Неба. Он взошел на трон в 25 году под именем Гуан У-ди и стал основателем династии Поздняя Хань. Пока Гэн-ши пас лошадей в окрестностях Чаньани, новый император захватил Лоян и объявил город своей столицей.

Гражданская война длилась одиннадцать лет. В конечном счете силы «краснобровых» истощились, и они были разгромлены армией императора. Затем Гуан У-ди по очереди подавил восстания на Великой равнине и в Шаньдуне, в районе Янцзы и в коридоре Ганьсу на северо-западе. Самый сильный из его противников контролировал обширные территории в районе узкого ущелья, через которое протекала река Янцзы. Ниже ущелья был построен плавучий мост, соединявший укрепления на обоих берегах реки.